LINUX.ORG.RU

Сообщения Dorif

 

Свободный софт для фрагментного анализа

Форум — General

Собственно сабж. Надо анализировать всякие там QF PCR, MLPA, HID (SSR, STR, etc…). Есть ли свободные аналоги GeneMapper или GeneMarker? Сертификации для чего-то там не требуется, бо работа пока чисто научная.

Заранее спасибо!

 ,

Dorif ()

Пособия по Vulkan, OpenCL, MPI

Форум — Talks

Интересует сабж для С/С++. Если сие пособие для дебилов/зелёных в плане написания чего-то параллельного/гетерогенного мекбойзов - вообще хорошо будет. Языки - русский, английский, немецкий, румынский (ну а вдруг).

Заранее спасибо!

 

Dorif ()

Посоветуйте системный блок

Форум — Talks

Нужен смстемник для платы АТХ/ЕАТХ и двух блоков питания. Есть ли готовые решения или заколхозить на коленке, как истинный мекбойз?

Заранее спасибо!

 , ,

Dorif ()

Непонятки с ВТБ

Форум — Talks

Hydra Dominatus! Жил я себе спокойно, а сегодня мне пришло заказное письмо интересного содержания типа я должен банку ВТБ около 40 рублей (именно рублей, не килорублей!) по кредиту, взятому в 2013. Типа коллекторам передали (удачи им). При этом в РФ я был в 2008, 2010 и 2019 годах (в мае, на конференции по медгенетике, останавливался у товарища с ЛОРа, кстати. ЛОР - СИЛА! Спасибо ещё раз этому человеку!) и никаких дел с ВТБ не имел. И чё с этим делать и в каком порядке?

Жду советов и заранее спасибо!

 ,

Dorif ()

А есть ли ещё софт, аналогичный UGENE?

Форум — General

Сабж. Наличие удобного гуя, особенно на Qt и наличие программы в разделе sci-biology Генты сторого приветсвуются.

P.S.: EMBOSS, конечно, тоже тот ещё комбайн, но кмк, менее расширяемый, чем UGENE.

Алсо: cast Axon DNA_Seq

 ,

Dorif ()

Дважды магистр теперь я!

Форум — Talks

Теперь и по молекулярной биологии. Опробировал и подготавливал к внедрению методику молекулярно-генетического скрининга на первичные иммунодефициты на реактивах, предоставляемых из Новосибирска.

Защиты после сурок сплю я как. Просыпаясь раз в 6 часов. Напряжение нервное снимается у меня так.

А Линукс тут при том, что анализ данных вёлся на нём.

 ,

Dorif ()

Распиновка кабеля для подогреваемого столика на Carl Zeiss Axiovert 25C

Форум — Science & Engineering

Ищу сабж. Микр есть, блока питания для подогреваемого столика нет. И если Т адаптер для фотопорта не проблема (просто кольцевой переходник с 34,5 мм на 1,25" Т адаптер от телескопа), то тут всё сложнее. Экспериментировать вслепую не хочется - мне с этим ещё работать.

Заранее спасибо!

 , ,

Dorif ()

Чем отделить монацит от магнетита и ильменита?

Форум — Science & Engineering

Сабж. Есть магнитная фракция песка, включающая в себя магнетит, ильменит и монацит, с небольшими примесями кварца, кальцита и циркона (захвачены чисто механически). Как же убрать эти примеси? Была идея промыть слабым раствором соляной кислоты или плавиковой, (может быть с фторидом калия или аммония). Но не разрушит ли это монацит?

Спасибо!

 , , ,

Dorif ()

Как мерять температуру грызунам?

Форум — Science & Engineering

Сабж. Для эксперимента надо температуру мониторить, пока или не выздоровеет, или не сдохнет. И да: при этом надо это делать так, чтоб грызун тя не укусил и не поцарапал.

Заранее спасибо!

# cast pyometra Axon DNA_Seq

 ,

Dorif ()

Как в UGENE собрать полный геном из контигов?

Форум — General

Собственно сабж. Пока что-то немного не получается.

И как можно с NCBI автоматически скачать последовательности? Качать все 299 контигов вручную задолбаюсь.

Заранее спасибо!

# cast DNA_Seq

 ,

Dorif ()

Софт под Linux для анализа данных с qPCR анализаторов.

Форум — General

Нужен сабж. Приходится периодически вручную выставлять параметры baseline и treshold, да ещё по-разному извращаться.

Анализатор Applied Biosystems 7500 выдаёт данные амплификации в формате .eds.

Задолбало, что для полноценного анализа надо сидеть за компом в комнате с анализатором, так как нигде больше этот софт не установлен, носитель для установки отсутвует и получается иногда, что нужно одновременно ставить новый эксперимент и анализировать старый.

Заранее спасибо!

# cast DNA_Seq Axon

 ,

Dorif ()

STM32duino и кубунту 14.04

Форум — Linux-hardware

Вкатил на плату BluePill загрузчик, подключаю, lsusb её видит как Bus 004 Device 012: ID 1eaf:0003 Запускаю ИДЕ ардуиновское, ставлю ядро Due, плату вроде видит. Пытаюсь записать и запустить пример «Blink» и получаю: Arduino: 1.8.3 (Linux), Плата:«Arduino Due (Native USB Port)»

Скетч использует 22124 байт (4%) памяти устройства. Всего доступно 524288 байт. На выбранном порту плата не найдена. Проверьте, что вы выбрали правильный порт. Если порт выбран правильно, попробуйте нажать кнопку reset на плате после начала загрузки

Этот отчёт будет иметь больше информации с включенной опцией Файл -> Настройки -> «Показать подробный вывод во время компиляции»

Ресет на плате не помогает. Ну и что делать дальше, как подружить плату с ИДЕ?

sudo cast ncrmnt

Заранее спасибо!

 

Dorif ()

Как происходила смена денег при смене првителей?

Форум — Talks

Вот помер царь/император/кайзер/тиран/султан/фараон/кто-то-там-ещё, а новый начинает, естественно, штамповать свои деньги, чтоб непременно с его мордярой/гербом на аверсе. А старые деньги куда девались? Использовались наравне с новыми или заменялись по какому-то курсу (от 1:1 до 1:нифига)?

Заранее спасибо!

 , ,

Dorif ()

Поиск минералов по критериям

Форум — Science & Engineering

Допустим, чтобы снизить круг подозреваемых при анализе. Критерии: твёрдость по Моосу, цвет, спайность, консистенция (кристалл, аморфная).

Есть ли что-то подобное в виде сайта или программы?

Заранее спасибо!

UPD: нитратные растворы хрома, ванадия, никеля, меди, железа (по отдельности и в комбинациях) в УФ зелёным не люминесциируют же (в видимом свете раствор минерала в азотной кислоте жёлтый с чуть заметным оттенком зелени)?

 , ,

Dorif ()

Софт для филогенетики под Linux

Форум — General

Может кто подсказать сабж? Задача - анализ и редактирование выравниваний, построение филогенетических деревьев.

Заранее спасибо!

 ,

Dorif ()

Гамма-спектрометрия на дому.

Форум — Science & Engineering

Я тут эксперимент один сделать хочу. Есть много блоков БДГ4-01 от СРП68-01. Хочу попробовать подать 5 Вольт от USB, а вывод С (на схеме блока он обозначен как С, передаёт импульсы в блок измерений) использовать для передачи импульсов на звуковую карту компа. Какая амплитуда импульсов на выходе у БДГ4-01, стоит ли сделать индуктивную развязку (трансформатор 1:1, нужен для отсекания постоянной составляющей, если она присутвует)? Кристалл планирую использовать не родной от СРП, а гамма-спектроскопический, благо имеющийся у меня имеет как раз нужные размеры, прекрасно состыкуясь с ФЭУ-85. Кто-то пробовал вообще так делать (переделывать блоки детектирования, чтоб не паять лишнего для самопального гамма-спектрометра)?

Да, безусловно, это не даст возможностей професионального гамма-спектрометра (возможность лёгкого пересчёта активностей по спектрометрическим пикам, измерения с разной геометрией - Маринелли, плоскость, 4пи... Тут скорей будет только плоскостная геометрия, ну или, если поизвращаюсь ещё - геометрия Маринелли), но вот чисто качественно идентифицировать изотопный состав чего-то вполне можно будет (то бишь сказать на уровне «здесь есть изотопы А, Б и В», не касаясь их количества).

Заранее спасибо!

#: cast ncrmnt

 , ,

Dorif ()

Как делать множественные выравнивания в UGENE?

Форум — General

Сабж. Есть T-Coffee, ClustalW и KAlign, используемые для этих целей, но я не вижу, как в непосредственно UGENE воспользоваться этим их функционалом. Может я что-то пропускаю? А результаты уже сделанных множественных выравниваний отображает программулина эта на ура - в этом ей не откажешь.

И да: сколько примерно может занять выравнивание 2-4 последовательностей с длиной от 160 до 300 килобаз (геномы ави- и лепори- поксвирусов) на среднестатистическом современном компе?

Заранее спасибо!

# cast DNA_Seq

 ,

Dorif ()

Софт для обработки изображений гелей после электрофореза.

Форум — General

Сейчас юзаем PhotoCapt от Vilber Lourmat, поставлявшийся с их гель-доком, но он какой-то странный: плохо работает со всем, что не TIFF, отображает изображения почему-то со значительно сниженной контрастностью (специально рядом открывал изображение в нём и просто в смотрелке - реально есть разница), что сильно затрудняет работу. Ну и задолбало меня его через вайн гонять.

Есть ли какие-то свободные аналоги, позволяющие по изображению рассчитать молекулярные массы нуклеиновых кислот/белков и прочее и тому подобное?

Заранее спасибо!

# cast Axon DNA_Seq

 ,

Dorif ()

Проблема с дисплеем ноутбука.

Форум — Linux-hardware

Сломалась матрица на ноуте - не было ни подсветки, ни изображения. Заменил матрицу ноута, теперь подсветка включается, но нет изображения. На внешнем мониторе изображение есть, замена шлейфа, соединяющего матрицу и мать не помогает. Что делать, товарищи, в чём проблема может быть?

Заранее спасибо!

 

Dorif ()

Где бы прочитать про развитие методов биозащиты при работе с особо опасными инфекциями?

Форум — Science & Engineering

Сабж. Сейчас ясно-понятно, что везде, где работают с ООИ (1 класс патогенности) будут костюмы с положительным обратным давлением, двудверные автоклавы, боксы биозащиты 3 класса (с перчатками и полной рециркуляцией), лаба будет контролироваться, чтоб проходила тест на натекание (в лабе давление воздуха меньше, чем снаружи, предотвращает вынос частиц возбудителей из лабы потоком воздуха) и т..д. и т.п. А как обеспечивали безопасность работы с чумой или оспой (1 класс патогенности) до изобретения всех этих ништяков? А то читаю, как в том же отряде 731 чуму выращивали - и волосы шевелятся даже там, где их нет, а мозг удивляется, почему умирало только 30 человек в год, а не 3000.

Заранее спасибо!

#: cast DNA_Seq

 , ,

Dorif ()

RSS подписка на новые темы