LINUX.ORG.RU

Продолжение разработки софта для фрагментного анализа

 , , ,


0

1

Собственно, сабж. Новая версия получила номер 0.5 и кодовое имя «Саузерн» в честь Эдвина Саузерна, заложившего основы многих методов современной молекулярной биологии.

По сравнению с предыдущей версией ( Моя программа для обработки данных фрагментного анализа ДНК ) новая версия стала соответствовать PEP517, получила возможность биннинга пиков сообразно той или иной панели (поддерживает форматы панелей GeneMapper, GeneMarker и NCBI OSIRIS), фильтрацию статтер-пиков (для поддерживающих панелей), может открывать сырые данные с российского прибора для капиллярного электрофореза Нанофор-05 (очень экспериментально, малопригодно для анализа, но работаю в этом направлении), добавлена немецкая локализация, возможен экспорт полученных после биннинга и фильтрации данных в формате CODIS XML (формат полицейских баз данных США и Европы, хорошо описан в спецификациях, опубликованных на сайте ФБР).

На первом скрине видна часть генотипа образца, полученного после обработки данных с секвенатора SeqStudio HID. На втором - генотип того же образца, полученный с помощью GeneMapper ID-X 1.7 (у меня есть персональная лицензия, спасибо Термо). Использовались как раз панели GeneMapper ID-X 1.7. Мне с одной стороны было лень придумывать данные для демонстрационного запуска для скриншота, с другой - скучно использовать стандартных John Doe или Иванов Ивановых, поэтому демонстрационным случаем стало опознание тел после Резни в Зоне Высадки на Исстваане Пять, ибо во тьме военного будущего есть только ДНК-криминалистика после больших битв.

Ссылка на релиз:https://github.com/Dorif/fragalyseqt/releases/tag/southern_initial

Репозиторий: https://github.com/Dorif/fragalyseqt

Собственно, как-то так, товарищи. Можете кидаться продуктами жизнедеятельности.

★★★

Проверено: hobbit ()

Из прошлой темы:

Так и можно узнавать чего, сколько и где есть в геноме конкретного человека/псинки/НЁХ и виновен ли/породист ли/ЧЗХ это вообще.

А если немного отойти от медицины/ветеринарии/криминалистики в сторону истории/культуры… Вообще, сейчас много где предлагают генетические исследования, зарабатывают на этом немалые деньги. Можно ли на этой основе определить, гены каких народов в человеке перемешаны, или это всё шарлатанство?

hobbit ★★★★★
()

А разве на Истваан 5 остались какие-то биологические материалы годные для анализа? Там же хаоситы всё залили метровым слоем какой-то биологически агрессивной дряни искажающий всё, включая ДНК…

Evgueni ★★★★★
()
Ответ на: комментарий от hobbit

Это немного иначе делается, ибо требует больше данных. Чаше всего с помощью NGS или гибридизационных матриц узнаётся, какие полиморфизмы и в каком состоянии имеются в геноме человека, сравнивается с популяционными данными и делаются выводы. Нормальный криминалистический метод, кстати. Проблема в том, что многие излишне упрощают и метод, и результаты, и интерпретацию. В итоге получается хрень.

Dorif ★★★
() автор топика
Ответ на: комментарий от Evgueni

Это Исстваан Три вирусными бомбами отутюжили чтоб лоялистов предательских легионов перебить, ЕМНИП. А Резня в Зоне Высадки была позже, когда пытались вырезать Воронов, Саламандр и Железных Рук. Но даже после вирусной бомбардировки образцы остались - умершие от компрессионных повреждений в скафандрах оставшихся герметичными, умершие в бункерах, недобитки (привет, Риланор), помершие потом своим ходом…

Dorif ★★★
() автор топика
Ответ на: комментарий от Evgueni

Для Хаоса препятствие - преданность Императору. На Исстваане Три как раз и истребляли лоялистов оставшихся. Да и вирусные бомбы оружие имперское. И предательские легионы тогда ещё не скурвились полноценно в хаос.

Dorif ★★★
() автор топика
Ответ на: комментарий от einhander

Тсссс… Hydra Dominatus!)

Dorif ★★★
() автор топика
Ответ на: комментарий от LINUX-ORG-RU

А Резня в Зоне Высадки была позже, когда пытались вырезать Воронов, Саламандр и Железных Рук.

Для Хаоса препятствие - преданность Императору. На Исстваане Три как раз и истребляли лоялистов оставшихся

А ТС - нурглит))

И далее

Если кто не понял, не пугайтесь, это про вархаммер.

Фух, спасибо!

Jurik_Phys ★★★★★
()
Ответ на: комментарий от Jurik_Phys

ТС Биохимик генетик и нурглит, а у нурглитов КуГат Чумной Отец - учёный который ищет идеальную болезнь и есть ещё целая куча «приколистов» так как нурглиты поклоняются всяческой заразе и недугам.

А вот теперь бойся

LINUX-ORG-RU ★★★★★
()
Последнее исправление: LINUX-ORG-RU (всего исправлений: 1)
Ответ на: комментарий от LINUX-ORG-RU

Вообще, с конца сентября - начала октября я ушёл из лабы генетики человека. Ибо, блин, когда тебе в начале года задерживают ЗП по три-четыре месяца, министерство на вопросы о ЗП говорит " а вы что, куда-то торопитесь?" (Ага, например, не сдохнуть с голоду), а начальница на меня и ещё одного коллегу, тоже отца семейства, орёт, что не надо думать о материальном, небесный суд всё рассудит (sic!), при этом ещё за отопление платить и вообще коммуналка дорожает… А потом летом сначала крики, что меня проще уволить, чем дать отпуск нормальный, потом с утра, пока занимался образцами пациентов, надо вломиться и орать на меня, чтоб я шёл чинить бытовой холодильник, не слушая никаких аргументов, включая то, что я могу просто медтехника пригласить. Зато услышав, что это не моя обязанность как НСа, начать орать, что если я на работе хочу только работать - то вот ребёнок заболеет и никто не поможет. В этот момент у меня щёлкает мысль, что эта тётя идёт нафиг. За время отпуска за меня конкурировали несколько контор(по итогу ушёл к другу в хостинг. WebHostMost, если кому интересно. На инфраструктурного админа, ибо таки знаю толк), затем пока она сама в отпуске была - написал заявление и она когда уже вышла со своего отпуска, не имела выбора действий. Короче, провернул гамбит в стиле Альфария.)

Самое смешное, так это то, что сейчас у меня пипец спокойное время ввиду того, что я таки не ебланю и не тяну. Ну и времени на науку у меня больше, чем в науке. И я периодически до сих пор читаю открытые лекции по молекулярной биологии, генной инженерии и т.д. в универах, ибо после них студенты таки что-то понимают и запоминают. И параллельно свои интересы и проекты реализовываю.

Dorif ★★★
() автор топика
Для того чтобы оставить комментарий войдите или зарегистрируйтесь.