LINUX.ORG.RU

Софт под Linux для анализа данных с qPCR анализаторов.

 ,


0

2

Нужен сабж. Приходится периодически вручную выставлять параметры baseline и treshold, да ещё по-разному извращаться.

Анализатор Applied Biosystems 7500 выдаёт данные амплификации в формате .eds.

Задолбало, что для полноценного анализа надо сидеть за компом в комнате с анализатором, так как нигде больше этот софт не установлен, носитель для установки отсутвует и получается иногда, что нужно одновременно ставить новый эксперимент и анализировать старый.

Заранее спасибо!

# cast DNA_Seq Axon

★★

так как нигде больше этот софт не установлен, носитель для установки отсутвует и получается иногда, что нужно одновременно ставить новый эксперимент и анализировать старый.

Это проприетарщина, привыкай. Попробуй pyqpcr, но боюсь он мало поможет с установкой порога отсечения. И файлы придется экспортировать в csv.

DNA_Seq ★★☆☆☆ ()

Еще есть пакеты для R/Bioconductor (например qpcR в CRAN), в некоторых даже вроде есть поддержка бинарных форматов. Но это скорее для высокопроизводительных экспериментов и статистического обсчета результатов.

DNA_Seq ★★☆☆☆ ()
Ответ на: комментарий от DNA_Seq

Так сложность основная в обсчёте результатов потом. Рассчёт Ct, количества ампликонов. Та софтина делает всё на автомате. А я как представлю себе анализ всего этого (до 96 лунок за постановку, до 4 такмановских зондов на лунку) вручную - руки тянутся искать верёвку, мыло, табуретку.

Dorif ★★ ()
Последнее исправление: Dorif (всего исправлений: 1)
Ответ на: комментарий от Dorif

Ага. R язык специфический правда, на вхождение около года требуется.

DNA_Seq ★★☆☆☆ ()
Ответ на: комментарий от Dorif

ddCt в R/bioconductor считается пакетом с названием (что удивительно) ddCt. Если не поленился сделать серию разведений посчитает и эффективность ПЦР. Есть еще макросы для экселя, но это совсем мазохизм.

DNA_Seq ★★☆☆☆ ()
Ответ на: комментарий от Deathstalker

Ссылку сам смотрел? Там нифига по теме нет. И количественный ПЦР - не биоинформатика.

Dorif ★★ ()
Ответ на: комментарий от DNA_Seq

Не, нам таки только Ct и количество копий. Эффективностью в своё время создатели китов озаботились. В Новосибирске.

Dorif ★★ ()
Вы не можете добавлять комментарии в эту тему. Тема перемещена в архив.