LINUX.ORG.RU

Сообщения DNA_Seq

 

Вышел Bio-Linux 8

Группа Ubuntu Linux

Спустя два года, тихо и незаметно вышла очередная версия NEBC Bio-Linux 8 — специализированного дистрибутива для биоинформатических исследований. Данный релиз основывается на Ubuntu 14.04 и имеет следующие отличия от прошлой версии.

  • Обновление до актуальных версий «джентльменского набора» биоинформатических утилит, таких как QIIME, Mothur, Jalview, Artemis, BLAST, Bowtie-Bio и т. д.
  • Обновление множества пакетов R, включая ggplot2, DESeq и edgeR. Разумеется, обновлен Bioconductor и сотни пакетов, доступных через C2D4U.
  • Добавлены шаблоны для использования из VMWare/VirtualBox.
  • Замена NX более гибкой, быстрой и безопасной системой удаленного рабочего стола x2go.
  • Включен MATE как более «легкая» альтернатива Unity.
  • Более «работоспособное» пакетирование Galaxy, облачной платформы для биоинформатиков.
  • И, разумеется, новые нескучные обои.

Как и более ранние версии, Bio-Linux 8 можно подключить как репозиторий Debian/Ubuntu.

>>> Подробности

 , ,

DNA_Seq ()

Вышел UGENE 1.12.0

Группа Open Source

После более чем года ожидания и трехмесячной задержки релиза вышла новая мажорная версия широко известной в узких кругах молекулярно-биологической IDE Ugene, разрабатываемой новосибирской (а теперь уже международной) компанией Unipro.

Нововведения:

  • В редакторе выравниваний появилось попарное сравнение выбранных последовательностей;
  • Множество новых утилит и сценариев, в том числе предназначенных для обработки данных секвенирования нового поколения (NGS);
  • Помимо бинарных утилит теперь используются и скрипты на Python, так что появляется возможность скрещивания этой и без того многофункциональной среды со множеством других широко известных в узких кругах программ;
  • Интеграция с BioMart;
  • Появились расширения для Mozilla Firefox и Google Chrome;
  • Множество изменений и исправлений, перечислить которые здесь не представляется возможным.

>>> Подробности

 , , ,

DNA_Seq ()

Coffice — Calligra Office для мобильных платформ

Группа KDE

Coffice (Calligra Office или coffee-in-office) — новый проект по портированию Calligra Office на мобильные платформы. Предполагается поддержка платформ Android, Blackberry 10, Jolla Sailfish OS и Ubuntu Phone, а также форматов документов ISO OpenDocument (ODF) и различных форматов Microsoft Office (как бинарных, так и XML). В данный момент в Google Play доступна альфа-версия под Android от 2.1 включительно.
Особенности:

  • Приоритетом является обеспечение поддержки чтения формата odt (OpenOffice Writer, Calligra Words).
  • Существенное снижение размера дистрибутива, но достигнутое ценой соответствующего снижения функциональности. В данный момент размер установленного приложения составляет 2,5 Мб (исключая Qt), что существенно меньше альтернатив.
  • Независимость от kdelibs, единственной необходимой библиотекой является Qt. Также вместо cmake используется qmake.

В дальнейшем ожидается добавление польского языка и оставшихся анонсированных форматов. Также автор обещает сделать порт на Blackberry 10 и Jolla Sailfish OS, как только раздобудет соответствующие устройства.

>>> Подробности

 , , ,

DNA_Seq ()

Вышел qBittorrent 3.0

Группа Интернет

9 августа 2012 года тихо и незаметно состоялся релиз третьей версии qBittorrent. От прежних версий программа отличается в первую очередь переработанным интерфейсом, также была проведена оптимизация и рефакторинг кода.

Особенности программы:

  • Поддержка всех известных расширений протокола BitTorrent (DHT, Peer Exchange, шифрование, Magnet/BitComet URIs).
  • Поддержка проброса портов через UPnP / NAT-PMP.
  • Продвинутая поддержка загрузки по RSS, включая фильтр по регэкспам.
  • Удаленный веб-интерфейс.
  • Версии под Linux, xBSD, Mac OS X, Windows.
  • Последовательная загрузка файла.
  • Поддержка IPv6 и многое другое.

>>> Подробности

 , ,

DNA_Seq ()

BOINC 7.0

Группа Кластеры

Спустя несколько месяцев бета-тестирования состоялся релиз седьмой версии известного клиента распределенных вычислений BOINC.

Основные изменения:

  • Локализация и повышение удобства пользования графического интерфейса в простом режиме.
  • Поддержка OpenCL.
  • Улучшение Virtual Machine Support.
  • Новый планировщик ресурсов.

В настоящее время в сети распределенных вычислений BOINC задействовано примерно полмиллиона компьютеров с общей производительностью более 7 петафлопс.

>>> Подробности

 ,

DNA_Seq ()

Open Access — новая модель распространения научных публикаций

Группа Open Source

После завершения исследования или написания монографии многие учёные встают перед нелёгким выбором как поступить с публикацией — отдать её в издательство, которое возместит затраты на публикацию, но при этом статья будет доступна только имеющим подписку на выбранный журнал, либо самому, полностью или частично, оплатить публикацию. К счастью, для помощи авторам имеются специальные гранты и готовые помочь организации.

Новую модель предлагает издательство InTech. Про саму модель можно прочитать по нижеприведенной ссылке. Вкратце, полный переход на электронные носители всё же не снимает довольно значительную часть затрат. Для покрытия расходов был создан фонд Gold Open Access, cписок участников которого приведен здесь.

Для простых пользователей важно существенное облегчение доступа к научным статьям и другим публикациям. В настоящее время на сайте www.intechopen.com имеется множество книг по всем областям, от фундаментальной физики до робототехники. Кроме того, полностью доступно два журнала, «Nanomaterials and Nanotechnology» и «International Journal of Radio Frequency Identification & Wireless Sensor Networks». Также частично доступны статьи ещё трёх журналов. Все публикации доступны под лицензией CC BY 3.0.

>>> Подробности (на английском)

 

DNA_Seq ()

YAGF — графическая оболочка для cuneiform

Группа Open Source

Оболочка YAGF предоставляет графический интерфейс для консольной программы распознавания текстов cuneiform на платформе Linux. Кроме того, YAGF позволяет управлять сканированием изображений, их предварительной обработкой и собственно распознаванием из единого центра. Программа YAGF также упрощает последовательное распознавание большого числа отсканированных страниц.

28 января 2011 года вышла новейшая версия YAGF - 0.8.5

Главное новшество: можно сохранять базовое изображение и выделенные блоки в графические файлы

Требования для сборки:

  • инструменты разработки Qt4 версии 4.2+;
  • заголовочные файлы libaspell;
  • CMake.

Требования для запуска:

  • Qt 4.2+;
  • aspell.

>>> Подробности

DNA_Seq ()

Выпущен UGENE 1.7

Группа Open Source

UGENE — это свободное ПО для работы молекулярного биолога, написанное на Qt.

Данный продукт во многом является аналогом (а местами и гораздо более функционален) коммерческого пакета Vector NTI, однако отличается кроссплатформенностью, поддержкой возможностей современного железа (многопоточность, CUDA) и возможностью самому писать плагины либо мышекликабельно создавать вычислительные цепочки из плагинов уже существующих.

Описание программы: http://ugene.unipro.ru/rus/index.html

>>> Скачать

 , ,

DNA_Seq ()

Выпущен UGENE 1.6.0

Группа Open Source

UGENE — это свободное ПО для работы молекулярного биолога.

UGENE отлично работает на Windows, Mac OS X, GNU/Linux и очень прост в установке и использовании. Обладает русскоязычным интерфейсом.

Основные возможности:

  • Множественное выравнивание последовательностей;
  • Анализ с использованием скрытой модели Маркова;
  • Дизайн ПЦР-праймеров;
  • Предсказание вторичной структуры белков;
  • Филогенетический анализ;
  • Поиск сайтов рестрикции;
  • Сверхбыстрый поиск простых и тандемных повторов;
  • Анализ сайтов связывания транскрипционных факторов;
  • Поиск открытых рамок считывания;
  • Выравнивание последовательностей с помощью алгоритма Смита-Ватермана.

>>> Подробности

DNA_Seq ()

RSS подписка на новые темы