LINUX.ORG.RU

Вышел Bio-Linux 8

 , ,


0

2

Спустя два года, тихо и незаметно вышла очередная версия NEBC Bio-Linux 8 — специализированного дистрибутива для биоинформатических исследований. Данный релиз основывается на Ubuntu 14.04 и имеет следующие отличия от прошлой версии.

  • Обновление до актуальных версий «джентльменского набора» биоинформатических утилит, таких как QIIME, Mothur, Jalview, Artemis, BLAST, Bowtie-Bio и т. д.
  • Обновление множества пакетов R, включая ggplot2, DESeq и edgeR. Разумеется, обновлен Bioconductor и сотни пакетов, доступных через C2D4U.
  • Добавлены шаблоны для использования из VMWare/VirtualBox.
  • Замена NX более гибкой, быстрой и безопасной системой удаленного рабочего стола x2go.
  • Включен MATE как более «легкая» альтернатива Unity.
  • Более «работоспособное» пакетирование Galaxy, облачной платформы для биоинформатиков.
  • И, разумеется, новые нескучные обои.

Как и более ранние версии, Bio-Linux 8 можно подключить как репозиторий Debian/Ubuntu.

>>> Подробности

★★☆☆☆

Проверено: fallout4all ()

«легкая» альтернатива
«работоспособное» пакетирование

нужно больше кавычек!

meequz ★★ ()

посмтрим что там у них есть чего нельзя сделать в арче.

hope13 ★★★ ()

Как и более ранние версии, Bio-Linux 8 можно подключить как репозиторий Debian/Ubuntu.

о. начали делать норм. дистрибы.

darkenshvein ★★★★★ ()

Bio-Linux 8 можно подключить как репозиторий Debian/Ubuntu

Вот это здравый подход.

hobbit ★★★★★ ()
Ответ на: комментарий от meequz

Держи: «„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„“

MiniRoboDancer ★☆ ()
Ответ на: комментарий от MiniRoboDancer

С драйверами проблема, спеки неполные. Производитель на запросы не отвечает уже две тысячи лет.

DNA_Seq ★★☆☆☆ ()
Последнее исправление: DNA_Seq (всего исправлений: 1)
Ответ на: комментарий от DNA_Seq

Но ведь успехи в реверс-инжиниринге значительны?

Производитель, как утверждают, таки отвечает, но всё намёками.

MiniRoboDancer ★☆ ()

А на нем запустится Resident Evil 1-3?

anonymous ()
Ответ на: комментарий от MiniRoboDancer

Ну это довольно сильный оффтоп, с сабжем связано не больше чем радиогубительство с программированием. Для прямой трансляции РНК в белок есть скажем бесклеточные системы (клетки пшеницы или бактерии нежно рушатся, чтобы особо не пострадали рибосомы, потом экстракт чистится и используется для синтеза белка по имеющейся РНК). Но это очень трудоемкая работа и требующая очень прямых рук, поэтому прибегают к ней либо когда никаким другим способом получить не удается (количества получаемого белка можешь себе представить, нанограммы в буквальном смысле), либо когда например требуется получить белок, меченный изотопами (например для ЯМР), ибо изотопы дорогие, и не нужно чтобы бактерия их ЖРАТ. Разумеется, никаких компов, все управление добавлением буферных растворов ручками (или роботом, если деньги девать некуда).

DNA_Seq ★★☆☆☆ ()
Ответ на: комментарий от anonymous

Если на бубунте запустится, то почему бы нет?

DNA_Seq ★★☆☆☆ ()
Ответ на: комментарий от garik_keghen

Харэ уже выбирать, работать пора.

anonymous ()
Ответ на: комментарий от system

Ну не всем же генту собирать и арч переустанавливать. Некоторым и работать нужно.

DNA_Seq ★★☆☆☆ ()

Обновление множества пакетов R, включая ggplot2, DESeq и edgeR.

Очень нужно, ведь каждый знает, что самый быстрый и удобный способ обновления пакетов в R - посредством обновления дистрибутива. Тоже вот с нетерпением жду OS X 10.10, может и у меня ggplot2 обновится? :)

ptarh ★★★★★ ()
Ответ на: комментарий от ptarh

Если пакеты тянут за собой гнутые утилиты то это самый правильный способ. Обновлять через R никто не мешает. Короче, завидуй молча.

DNA_Seq ★★☆☆☆ ()
Ответ на: комментарий от anonymous

А на нем запустится Resident Evil

T-Virus не нужен. Есть Эбола.

UNiTE ★★★★★ ()
Ответ на: комментарий от DNA_Seq

Дада, я помню из опыта использования R под линуксом, что он их там еще и компилирует на месте. Со всеми последствиями - то этот не собрался, то тот. Завидую изо всех сил - ведь под виндой и макосью они просто ставятся пакетами и нет никаких отмазок, чтобы не работать, гыгы.

ptarh ★★★★★ ()

можно подключить как репозиторий

это и отличает нормальный дистрибутив от болденоса. в случаях, конечно, когда цель проекта в изменении дефолтной поставки

xsektorx ★★★ ()
Ответ на: комментарий от ptarh

За n лет пользования R таких проблем не возникало. Может у Вас руки кривые?

anonymous ()

Зачем,Ты, Дениска променял папин ноутбук, с виндой и танками? Мама,Он живой и светится:)

wld ()
Ответ на: комментарий от anonymous

он скорее всего поверх «дистрибутивного R» пытается ставить, тогда оно действительно просит постоянно всё зависимое «устаревшее» пересобрать

PS но можно (по моему) просто попросить всё скопом пересобрать с зависимостями

psv1967 ★★★★★ ()
Ответ на: комментарий от psv1967

Я не понимаю, почему он не ставит тупо все пакетами, как в винде и макоси. И зачем некоторые пакеты тащат в репы, хотя cran - небом и землей прописанное для них место. Какая то, простите, каша и даже помойка. Пакет хоть как быстрее обновится там, чем пробежит дорогу через традиционно ленивого мейнтейнера.

ptarh ★★★★★ ()
Ответ на: комментарий от ptarh

1 в данном случае «он» это «ты» :) но этого все равно не хватает, что бы высказывание было логически корректным :)

2 «в там где всё в пакетах» просто нет среды сборки (исходников-заголовков библиотек использованных в конкретных пакетах cran), поэтому их «собирают»

R packages are primarily distributed as _source_ packages, but
_binary_ packages (a packaging up of the installed package) are also supported, and the type most commonly used on Windows and from the CRAN distribution for OS X. This function can install either type where supported, either by downloading a file from a repository or from a local file. The default type is given by ‘getOption(«pkgType»)’: this defaults to ‘«source»’ apart from under Windows or a CRAN binary distribution for OS X.

3 если ты начинаешь ставить пакеты через install.packages() в систему где уже были установлены пакеты через её систему управления, то а) поломки установленных пакетов не произойдет, поскольку они стоят в /usr, а все что установишь ты будет в /usr/local. б) R будет требовать обновления всех «устаревших» по зависимостям пакетов.

Поэтому если начинаешь ставить через install.packages() надо получить список всего что есть в твоей инсталяции R и обновить до текущего состояния cran. В противном случае придется многократно запускать install.packages(«foo») пока не будет по одному (каждый раз увы указывая «имя») обновлены все пакеты от которых он зависит и которые уже были установлены в системе (отягощается тем, что кеш пакетов увы отсутствует и каждый раз качается заново если нет кеширующего прокси сервера).

Готового «aptitude» для R нет.

psv1967 ★★★★★ ()
Последнее исправление: psv1967 (всего исправлений: 2)

Народ, а этот Bio-Linux для социологической статистистики юзать можно? (Ну там же есть R)?

bookman900 ★★★★★ ()
Ответ на: комментарий от bookman900

Можно, но в принципе R в любом дистрибутиве щас есть.

DNA_Seq ★★☆☆☆ ()
Ответ на: комментарий от DNA_Seq

Спс....просто лениво страшно все ставить...а spin scientific fedora убил своей тупизной...а тут бубунта..вроде норм)

bookman900 ★★★★★ ()
Ответ на: комментарий от psv1967

В противном случае придется многократно запускать install.packages(«foo») пока не будет по одному (каждый раз увы указывая «имя») обновлены все пакеты от которых он зависит и которые уже были установлены в системе

Может, я чего-то не понял, но ведь у install.packages есть параметр dependencies (и куча других), которые позволяют управлять установкой зависимостей.

А для обновления есть update.packages.

oami ★★ ()
Ответ на: комментарий от oami

Может, я чего-то не понял, но ведь у есть параметр dependencies (и куча других), которые позволяют управлять установкой зависимостей.

А для обновления есть update.packages.

install.packages() не обрабатывает ситуацию «пакет есть, но собран для старой версии R»

а второе я собственно и предлагаю (в том числе принудительно и для пакетов версии которых на кране не менялись)

psv1967 ★★★★★ ()

специализированного дистрибутива для биоинформатических исследований. Данный релиз основывается на Ubuntu 14.04

Какой бред. Не могут распространять проги под линух, потому что под линух фиг что установишь, а вместо этого выпускают дистры. Идиотизм высшей категории.

Xintrea ★★★★★ ()
Ответ на: комментарий от Xintrea

В данном случае это оправдано, хотя бы потому что можно просто дать ссылку на образ студентам, где не только все нужные проги установлены но и нужные датасеты залиты.

потому что под линух фиг что установишь,

проблемы в руках а не в линухе. Кто тех под виндой ставил тот над зависимостями не смеется.

DNA_Seq ★★☆☆☆ ()
Вы не можете добавлять комментарии в эту тему. Тема перемещена в архив.