Можно попробовать Flashrom от проекта coreboot. Но только осторожно - не все материнки и чипы поддерживаются, а для тех что поддерживаются - никаких гарантий. Если нет возможности при возникновении проблем вынуть чип из материнки и прошить в другом месте, то ИМХО лучше не рисковать.
не стоит играть с BIOS используя всякие flashrom и другие утилиты не одобренные производителем материнки. Если этот производитель предоставил тебе файл с новой прошивкой -- то он должен был и дать програмку для прошивки. Скорее всего это DOS-програмка, так что изготавливаешь загрузочную дискетку на FreeDOS и кидаешь програмку+прошивку туда. Да, я знаю что у тебя нет ни дискеток ни дисковода -- они и не нужны -- грузиться надо с помощью memdisk из syslinux. Если прошивка не помещается на дискетку (максимальный размер дискеты 2.88Mb) то придётся изготовить образ загрузочного HD, потом грузится с помощью того же memdisk.