LINUX.ORG.RU

Вышел UGENE 1.12.0

 , , ,


2

2

После более чем года ожидания и трехмесячной задержки релиза вышла новая мажорная версия широко известной в узких кругах молекулярно-биологической IDE Ugene, разрабатываемой новосибирской (а теперь уже международной) компанией Unipro.

Нововведения:

  • В редакторе выравниваний появилось попарное сравнение выбранных последовательностей;
  • Множество новых утилит и сценариев, в том числе предназначенных для обработки данных секвенирования нового поколения (NGS);
  • Помимо бинарных утилит теперь используются и скрипты на Python, так что появляется возможность скрещивания этой и без того многофункциональной среды со множеством других широко известных в узких кругах программ;
  • Интеграция с BioMart;
  • Появились расширения для Mozilla Firefox и Google Chrome;
  • Множество изменений и исправлений, перечислить которые здесь не представляется возможным.

>>> Подробности

А вот мне хотелось бы узнать, а каковы достижение Российской Молекулярной Биологии в области клонирования живых существ?

anonymous ()
Ответ на: комментарий от upcFrost

Интересно. Чтение разных источников привело меня к мысли, что проблема клонирования человека на Западе уже практически решена.

anonymous ()
Ответ на: комментарий от anonymous

откуда у россиянии могут быть какие-то достижения? это же отсталая страна третьего мира, колония.

anonymous ()
Ответ на: комментарий от anonymous

Достижения есть. Проблема в том, что в рф на эти достижения забивается толстый, после чего они передаются на запад. А что вы хотели - 17.5к деревянных дбн завлабу эт ппц.

upcFrost ★★★★★ ()
Ответ на: комментарий от anonymous

А вот мне хотелось бы узнать, а каковы достижение Российской Молекулярной Биологии в области клонирования живых существ?

советская первой клонировала мышь (всякие нейчуры молчали как воды в ж... рот набравши).

psv1967 ★★★★★ ()

широко известной в узких кругах

этим всё сказано.

funeralismatic ★★★ ()
Ответ на: комментарий от Evgueni

На сколько этот инструментарий распространён?

Точно сказать не могу, коллег подсаживал сам. Но офис в Калифорнии у них уже есть. К разработки кстати, ЕМНИП активно привлекают студентов. В принципе в научных статьях упоминается.

DNA_Seq ★★☆☆☆ ()
Последнее исправление: DNA_Seq (всего исправлений: 1)

Давно ждал. Неделю назад заходил на форум, пытался понять: не умирает ли проект? Убедился, что нет.

К сожалению, про Андроид-версию ничего не слышно. И вообще, для ARM процессоров. Хотя бы с обрезанным функционалом, была бы полезна для изучения биологии. Может, в версии 2.0 появится?:)

Stalin ★★★★★ ()
Ответ на: комментарий от Evgueni

На сколько этот инструментарий распространён?

Трудно сказать. На molbiol.ru прогу обсуждают, но без фанатизма. Пользуются старыми и, наверное, привычными аналогами. Вообще, лабораторный биологический софт - вещь очень консервативная. На сайтах такого софта встретить программы под unix - вполне обычное дело.

Vinni_Pooh ★★★★★ ()
Ответ на: комментарий от DNA_Seq

Как я понял это для фирмы не профильный софт. Они на нём студентов обкатывают (вроде на прошлогодней студенческой конференции на секции информатики слышал рассказ), так что офис в Калифорнии ничего не говорит. Потому и интересовался на сколько сам софт популярен.

Evgueni ★★★★★ ()
Ответ на: комментарий от psv1967

в советской науке никто особо не сомневается, речь же про россиянскую, которой, в общем-то, нет.

anonymous ()
Ответ на: комментарий от anonymous

откуда у россиянии могут быть какие-то достижения? это же отсталая страна третьего мира

Не вижу логики. У стран третьего мира тоже бывают достижения: светлые головы и талантливые учёные есть в любой стране. Вопрос исключительно в том, насколько эти достижения стране нужны, и как далеко в ней они могут быть развиты.

alt-x ★★★★★ ()
Ответ на: комментарий от anonymous

проблема клонирования человека на Западе уже практически решена.

Только клона будет ждать участь овечки Долли. Но даже, когда клонирование людей станет действительно возможным, появится ряд этических проблем, решить которые будет гораздо труднее.

Поэтому гораздо интереснее возможность клонирования/выращивания отдельных органов.

alt-x ★★★★★ ()
Ответ на: комментарий от alt-x

появится ряд этических проблем, решить которые будет гораздо труднее.

Надо возродить работорговлю копиями и куклусклан.

anonymous ()
Ответ на: комментарий от alt-x

Не вижу логики

Вопрос исключительно в том, насколько эти достижения стране нужны

ну вот, сам сказал, сам ответил. в странах третьего мира нет науки, там нефть надо добывать да бананы выращивать.

anonymous ()
Ответ на: комментарий от Stalin

Где есть QT там и собрать можно. Правда я на i3 собирал часа 2. Так что рекомендую кросскомпеллятор.

dekar ()
Ответ на: комментарий от anonymous

нет науки

Никто и не говорит про науку. Науки и нет, а ученые вполне могут быть.

alt-x ★★★★★ ()
Ответ на: комментарий от upcFrost

Гы-гы.

Хотя, конечно, допускаю, что есть лабы, в которых завлаб семнадцать тыр получает. Ну, это вместо пособия по безработице.

P.S. завлаб в нормальной, живой мол.биологической лабе с достаточным количеством грантов, получает деньги, которые и мне, IT-шнику на нормальной позиции, кажутся, м-м-м, вполне достойными. Ну и сотрудникам перепадает тоже.

AlexM ★★★★★ ()
Последнее исправление: AlexM (всего исправлений: 2)
Ответ на: комментарий от Evgueni

Жене моей (ИХБФМ СО РАН) не понравился. Впрочем, возможно, сказывается непохожесть на VectorNTI и другие программки их «повседневного рациона».

AlexM ★★★★★ ()

Надеюсь, умеет предсказывать структуру (helix,sheet,loop) по последовательности. Мне в FoldIt бы пригодилось.

Sadler ★★★ ()
Ответ на: комментарий от DNA_Seq

Я им, к сожалению, пользоваться пока не могу.
Инструменты, вроде бы, представлены прилично, но рабочее пространство организовано ужасно. Я даже не говорю про чудовищные жирные шрифты и что программа в целом выглядит как пришелец из другого мира, чёрт с ними. Там совершенно непонятные пропорции элементов и совершенно не настраиваемая карта. Абсолютно непонятно, нахрена они показывают сразу три варианта трансляции. Окно настроек вылезает за пределы экрана.

valentin_v13 ★★★ ()
Ответ на: комментарий от anonymous

Наука есть. Но, к сожалению, не в таких объёмах, в каких надо бы.

valentin_v13 ★★★ ()

трехмесячной задержки

в этот период обратного пути уже нет

gray ★★★★★ ()
Ответ на: комментарий от Sadler

Надеюсь, умеет предсказывать структуру (helix,sheet,loop) по последовательности.

Двумерную предсказывает достаточно точно, как и куча дургих программ/веб-сервисов

DNA_Seq ★★☆☆☆ ()
Ответ на: комментарий от DNA_Seq

Это хорошо. Трёхмерную всё равно не импортнёшь в FoldIt (только если карту расстояний читать/писать), а вот двумерная будет полезна.

Sadler ★★★ ()
Ответ на: комментарий от anonymous

Было бы очень хорошо. Появился аргумент для покупки хорошего планшета. :)

Stalin ★★★★★ ()
Вы не можете добавлять комментарии в эту тему. Тема перемещена в архив.