LINUX.ORG.RU

Как делать множественные выравнивания в UGENE?

 ,


0

1

Сабж. Есть T-Coffee, ClustalW и KAlign, используемые для этих целей, но я не вижу, как в непосредственно UGENE воспользоваться этим их функционалом. Может я что-то пропускаю? А результаты уже сделанных множественных выравниваний отображает программулина эта на ура - в этом ей не откажешь.

И да: сколько примерно может занять выравнивание 2-4 последовательностей с длиной от 160 до 300 килобаз (геномы ави- и лепори- поксвирусов) на среднестатистическом современном компе?

Заранее спасибо!

# cast DNA_Seq

★★

Правой кнопкой в окне выравнивания -> выравнивание
или в меню Инструменты -> выравнивание.
Ну а само выравнивание можно сдлеать либо экспортом файла в фомат выравнивания (контекстное меню в окне объектов, вано правой кнопкой кликать на последовательности а не на самом объекте) и добавлением в полученный файл еще последовательностей через контекстне меню выравнивания. Либо мой любимый способ - написание mfasta в текстовом редакторе.

И да: сколько примерно может занять выравнивание 2-4 последовательностей с длиной от 160 до 300 килобаз (геномы ави- и лепори- поксвирусов) на среднестатистическом современном компе?

Алгоритмы указанных программ на такое не рассчитаны. Используй mauve. http://darlinglab.org/mauve/mauve.html

DNA_Seq ★★☆☆☆ ()
Последнее исправление: DNA_Seq (всего исправлений: 2)
Ответ на: комментарий от DNA_Seq

Кстати, а чем и как для Mauve файлы подготавливать?

Dorif ★★ ()
Ответ на: комментарий от Dorif

ЕМНИП он жрал обычную мультифасту, и экспортировал выравнивание в мультифасту с пробелами.

DNA_Seq ★★☆☆☆ ()
Ответ на: комментарий от DNA_Seq

Не имел дело с мультифастой. Как сие готовится?

Dorif ★★ ()
Ответ на: комментарий от DNA_Seq

Всё, разобрался - надо не мультифасту ему готовить, а последовательности добавлять в самой проге.) 4 генома поксвирусов около 180 кб каждый за минуту-две выравнял! Офигеть! Спасибо!

Dorif ★★ ()
Последнее исправление: Dorif (всего исправлений: 1)
Вы не можете добавлять комментарии в эту тему. Тема перемещена в архив.