LINUX.ORG.RU

Вышел UGENE 1.9.0

 ,


0

1

UGENE — это свободное ПО для работы молекулярного биолога.

UGENE отлично работает на Windows, Mac OS X, Linux и очень прост в установке и использовании. Обладает русскоязычным интерфейсом.

Лицензия: GPLv2

Основные возможности:

  • Множественное выравнивание последовательностей на основе MUSCLE 3,4 и KAlign
  • Анализ с помощью скрытых марковских моделей, основанный на HMMER 2 и HMMER 3
  • Дизайн ПЦР-праймеров с помощью Primer 3
  • Предсказание вторичной структуры белков с помощью GOR IV и PSIPRED
  • Филогенетический анализ с помощью Phylip
  • Поиск сайтов рестрикции
  • Сверхбыстрый поиск простых и тандемных повторов
  • Сборка контигов с помощью Bowtie
  • Анализ сайтов связывания транскрипционных факторов на основе SITECON
  • Поиск открытых рамок считывания
  • Обратная трансляция белков
  • Выравнивание последовательностей с помощью алгоритма Смита-Ватермана

Основные изменения:

  • Поддержка клонирования in silico. Теперь, используя UGENE, можно моделировать эксперименты генной инженерии: автоматически разбивать последовательности на фрагменты и конструировать новые молекулы из заданных фрагментов.
  • Новый инструмент: конструктор запросов. Этот инструмент позволяет анализировать и строить комплексные запросы. Алгоритмы в запросах согласуются с помощью наборов простых правил и логических выражений.
  • Высокопроизводительные вычисления: поддержка OpenCL.
  • Конструктор вычислительных схем: новый легко-читаемый текстовый формат и язык описания схем.
  • Улучшения интерфейса: система всплывающих сообщений.
  • Поддержка внешних программ: BLAST+ и T-Coffee.
  • Редактор множественных выравниваний: трансляция нуклеотидного выравнивания в аминокислотное.
  • Удалённые базы данных: поддержка запросов.

>>> Подробности

★★★★★

Проверено: post-factum ()

Хорошо, если кто-то из людей в теме проверит суть написанного.

MuZHiK-2 ★★★★ ()
Ответ на: комментарий от MuZHiK-2

Хорошо, если не будут постить такие новости

anonymous ()

Новость радует. Теперь и биологов можно в секту туксоводов заманивать)

ApostolPetr ()

основной список смотрится вкусно, нам для этого предлагали пользоваться разношерстным набором веб-сервисов.

silw ★★★★★ ()
Ответ на: комментарий от silw

А в том и фишка основная нашего проекта - интеграция на единой модели данных, в одном приложении. Хотя в последних версиях встроили и поддержку внешних утилит.

OleGG_LieAngel ()

>Поддержка клонирования in silico. Теперь, используя UGENE, можно моделировать эксперименты генной инженерии: автоматически разбивать последовательности на фрагменты и конструировать новые молекулы из заданных фрагментов.

Только хотел написать на ихнем форумче что неплохо-бы что0нибудь подобное прикрутить. Телепаты так вышли из отпуска!

DNA_Seq ★★★☆☆ ()
Ответ на: комментарий от ApostolPetr

> Новость радует. Теперь и биологов можно в секту туксоводов заманивать)

А они и не уходили оттуда :)

Вот страничка 1996 года: http://www.bio.net/bionet/mm/bio-soft/1996-October/015218.html

А вот сборники софта для биологов (это только некоторые - могу бросить ещё с десяток таких):

http://www.yk.rim.or.jp/~aisoai/soft.html

http://www.yk.rim.or.jp/~aisoai/tool.html

http://iubio.bio.indiana.edu/software

http://sal.jyu.fi/Z/2/index.shtml

http://en.wikipedia.org/wiki/List_of_open_source_healthcare_software

А страничка доктора Баума http://stommel.tamu.edu/~baum/ в 90-е годы с софтом для *nix была, наверное, самым большим сборником http://stommel.tamu.edu/~baum/linux-meta.html

Stalin ★★★★★ ()

Ай, малацы!

[мечтательно] ещё бы тулзу по анализу снимков форезов и получения примерных концентраций пятна по интенсивности окраски[/мечтательно]

anonymous ()
Ответ на: комментарий от OleGG_LieAngel

Их несколько. Разной степени свежести и базовости.

http://www.genesdigitales.com/blastoncd/

http://www.dnalinux.com/

http://bioknoppix.hpcf.upr.edu/

http://www.biopuppy.org/

http://opendiscovery.org.in/

И куча live-CD, сейчас уже не поддерживаемых http://open-bio.org/wiki/BOSC/liveCD

Но я про то, что специализированный софт для биологов, особенно для генетиков и молекулярщиков, никогда не был Windows-based. В 90-е было много софта для Солярки и прочих коммерческих юниксов, потом постепенно он мигрировал в Линукс, бсдю и Винду :).

Stalin ★★★★★ ()

Судя по одному из скриншотов в использовании достаточно прост. А вот судя по «Проект UGENE получает награду от Интел и РОСНАНО» (конкурс проектов в сфере высокопроизводительных вычислений) она вычислительно крута.

Так что ребята МОЛОДЦЫ.

З.Ы.: Тем кто не видит смысла подобных новостей: это прекрасный способ показать как должно выглядеть подобное ПО. И те немногие ссылки что добавляют 2-3 человека могут быть очень полезными для ищущих, не забываем об уровне цитирования ЛОРа.

AlexVR ★★★★★ ()

> Поддержка внешних программ: BLAST+

Вот за это большое спасибо!

Stalin ★★★★★ ()
Ответ на: комментарий от Asteronix

Точно.

А я думал, что ЛОР - это для развлечений. А вот нет. Прекрасно для работы подходит

anonymous ()

Хорошая новость. Обновимся

upcFrost ★★★★★ ()

Если уж выходят новости с игрушками то такие точно должны быть.

Ramil ★★ ()
Ответ на: комментарий от Ramil

В UGENE тоже есть встроенная игрушка. Правда давно не обновлялась, пора бы и ее обновить :)

mfursov ()

подборка ссылок в теме - супер! спасибо, ребята!

anonymous ()

Из-за анонисуса-тролля потерли ветку с конструктивным обсуждением а жаль. Хотелось бы подчеркнуть что данная программа интересна не только в прикладном но и в архитектурном плане - как я понял имеется некоторое ядро, очередь заданий и плагины отвечающие за функциональность. Данная архитектура позволяет во первых перекидывать расчетные задания на более мощные компьютеры а во-вторых само ядро может использоваться и в совершенно других приложениях, например можно наклепать какую-нибудь систему пакетной обработки фотографий

DNA_Seq ★★★☆☆ ()

как бы багрепорт

>Поддержка клонирования in silico. Теперь, используя UGENE, можно моделировать эксперименты генной инженерии: автоматически разбивать последовательности на фрагменты и конструировать новые молекулы из заданных фрагментов.

Сделано красиво кстати и очень понятно. Однако если имеющие отношение к программе еще не ушли из ветки заметил такой глюк - если сайт узнавания рестриктазы уже выделен в аннотации то при попытке «разрезания» по данному сайту выдается ошибка

DNA_Seq ★★★☆☆ ()

Филькина грамота :)

anonymous ()

Молодцы ребята. Начал щупать Ugene еще с версии 1.4. И не смотря на то, что для работы пригодились разве что смотрелки Clustalw, с каждой версией вполне интересный функционал добавляется. Сейчас уже совсем вкусно становится - маст хэв в любой биологической лабе.

alexa_k ()
Ответ на: комментарий от anonymous

> Хорошо, если не будут постить такие новости

Плохо что расщеплённый разум анонима иногда порождает таких ущербных выродков. Но мы верим в его иные грани. Сверкай ещё, о разумом озарённый!

alx_me ★★☆ ()
Вы не можете добавлять комментарии в эту тему. Тема перемещена в архив.