LINUX.ORG.RU

Вопросы по Ugene

 ,


0

2

DNA_Seq, бытует мнение, что ты разбираешься в ugene.

Так вот: никак не могу найти метода из файла секвенатора и исходной последовательности понять, где именно включились мутации. Есть последовательность исходного гена, есть ab (апплайдовский секвенатор) файл сиквенса.

Получаю последовательность из ab файла. Запихиваю её в поиск по исходному гену и вижу, что 2 mismatches. А как понять где?


Выровняй гены между собой. Самый простой способ - забей вручную последовательности в фаста-файл в текстовом редакторе и открой его. При открытии предложит открыть как выравнивание.

Может конечно можно и напрямую как-то мисматчи подсветить, но лично у меня необходимости не было, а файл выравнивания все равно понадобится, если уж расхождения нашлись.

DNA_Seq ★★☆☆☆ ()

Щас посмотрел - при поиске по смиту-ватерману можно результат сразу в выравнивание сохранять

DNA_Seq ★★☆☆☆ ()
Ответ на: комментарий от DNA_Seq

Ок. Хотя это говорит, что если у меня есть результаты сиквенса ревертанта вируса, то для того, чтобы проверить, какие значащие мутации и в каких генах произошли надо писать что-то своё.

dekar ()
Вы не можете добавлять комментарии в эту тему. Тема перемещена в архив.