LINUX.ORG.RU

Выпущен UGENE 1.6.0


0

0

UGENE — это свободное ПО для работы молекулярного биолога.

UGENE отлично работает на Windows, Mac OS X, GNU/Linux и очень прост в установке и использовании. Обладает русскоязычным интерфейсом.

Основные возможности:

  • Множественное выравнивание последовательностей;
  • Анализ с использованием скрытой модели Маркова;
  • Дизайн ПЦР-праймеров;
  • Предсказание вторичной структуры белков;
  • Филогенетический анализ;
  • Поиск сайтов рестрикции;
  • Сверхбыстрый поиск простых и тандемных повторов;
  • Анализ сайтов связывания транскрипционных факторов;
  • Поиск открытых рамок считывания;
  • Выравнивание последовательностей с помощью алгоритма Смита-Ватермана.

>>> Подробности

★★☆☆☆

Проверено: hibou ()

Интересно, а этот интерфейс с Phylip позволяет сделать bootstrap, а потом на каждой развилке написать её устойчивость?

Davidov ★★★★ ()

Биологов мало, зато им жизнь облегчают... Широкая общественность может приобщиться, может кому то подойдет...

Svoy ()
Ответ на: комментарий от PayableOnDeath

дык! :]

я, правда, не тру. уже 7 лет работаю программистом.

rudchenkos ()

Думаю студентам может даже очень пригодиться... З.Ы. Правда, на таких специальностях мало людей, хорошо знающих комп... (я с людьми естественных наук не связывался, может я и не прав...)

drfaust ★★★★★ ()
Ответ на: комментарий от drfaust

Не прав. Всякие бывают же - даже в меде могут сечь в компах. Только вот там виндузятники, это да.

anonymous ()

o_o на каком языке написано описание? А вообще софтина заинтересовала, глянем (:

pevzi ★★★★★ ()

а в списке дистров нету Убунту8.04: ну почему программеры не делают для стабильной версии? неужели думают, что ВСЕ сидят на самом свежем дистре?

Vetal80 ()

Коллеги! Объявляется конкурс на эрудицию. Если вы непрофессионал в молекулярной биологии или биоинформатике, то сколько пунктов из перечисленных 10 заявленных возможностей вам показалось знакомым и вы можете объяснить, что значит каждый пункт?

Для решения задачи можно пользоваться только своей головой. :)

Лично мне более-менее понятно (как я помню из школьных увлечений биологией), что такое вторичная структура белка. Собственно первичная — это последовательность аминокислот, а вторичная — это форма и пространственная структура полученной молекулы (или пространственная структура — это уже третичная?)

Анализ сайтов связывания транскрипционных факторов — поиск участков на ДНК, куда «цепляются» всякие белки, ответсвенные за транскрибцию. Всякие там гиразы-лигазы-транскриптазы (как я понимаю).

Остального не знаю.

gns ★★★★★ ()

>дизайн ПЦР-праймеров

при подборе праймеров Tm плавления шпилек и петель учитывается?

aiker ★★ ()
Ответ на: комментарий от Davidov

Сейчас нет
Полная поддержка опций/настроек Phylip запланирована на следующую версию.

iefremov ()
Ответ на: комментарий от DuskMan

Этот модуль создан биологами, для биологов. Собственно ответ простой - для работы.

iefremov ()
Ответ на: комментарий от aiker

Собственно, боремся за то чтобы стать опенсорсным аналогом VectorNTI/Geneious/тулам от CLC Bio.

iefremov ()
Ответ на: комментарий от Vetal80

В момент релиза 8.04 наша программа еще не существовала.

iefremov ()
Ответ на: комментарий от nutz

Прост в использовании именно для молекулярного биолога, не для постороннего человека.

iefremov ()
Ответ на: комментарий от drfaust

>Думаю студентам может даже очень пригодиться... З.Ы. Правда, на таких специальностях мало людей, хорошо знающих комп...

Где-то тут новость пробегала про анастезиолога, коммититвшего патчи в ядро

lirq ()
Ответ на: комментарий от gns

Надо будет испробовать.

вторичная — это форма и пространственная структура полученной молекулы (или пространственная структура — это уже третичная?)

Вы описали третичную. Втоичная — это когда взаимодействуют участи одной цепочки, образуются всякие альфа-спирали и бета-складки.

valentin_v13 ★★★ ()
Ответ на: комментарий от valentin_v13

Ну значит и это забыл... :) Спасибо, что напомнили.

gns ★★★★★ ()

теперь свиной грип покажется детской шалостью - производство вирусов будет поставлено на поток 8О

anonymous ()

Я понимаю, что бойан, но не могу не сказать: теперь винде точно капец!

fractaler ★★★★★ ()
Ответ на: комментарий от fractaler

Тот кто не касался хоть как-то биохимии, вряд ли объяснит хотя бы несколько.

valentin_v13 ★★★ ()
Ответ на: комментарий от Vetal80

просто разработку делают на Будущее применение. А при чём тут бунта? ядро и либы обновить слабо, если тебе это надо...

Анонимусам - я общался с лингвистками и медичками - никак не с биологами (ориентация у меня традиционная), по этому не могу сказать о их знаниях в компах (не до этого было ;-) )

drfaust ★★★★★ ()

У нас в универе (НГУ) висит объявление, что требуются программисты C++/Qt. И адрес сайта - ugene.unipro.ru :).

Kosyak ★★★★ ()
Ответ на: комментарий от PayableOnDeath

> здесь есть молекулярные биологи? О.о

А биофизики считаются? :)

Stalin ★★★★★ ()
Ответ на: комментарий от gns

> Лично мне более-менее понятно (как я помню из школьных увлечений биологией)...

Там не столько биологии, сколько математики. Или вычислительной биологии. Или биоинформатики - по разному называют.

Навскидку, книги, доступные для инженеров с хорошим курсом вышки, покрывающие 90% описанных вопросов

1. Математические методы для анализа последовательностей ДНК. М. С. Уотермен, ред. - М.: Мир, 1999

2. Вейр Б. Анализ генетических данных. Пер. с англ. - М.: Мир, 1995

3. Гасфилд Д. Строки, деревья и последовательности в алгоритмах. - БХВ-Петербург, 2003

Книга Гасфилда вообще позиционируется доступной даже для старшеклассников ( http://www.infanata.org/index.php?newsid=1146070318 )

Stalin ★★★★★ ()

Вдохновляет. Побольше бы таких постов, чтоб осветить вес линукса в настоящей науке.

mclaudt ()

Весьма необходимое ПО для будущих ученых-евгеников. Благодаря нему увеличится эффективность газенвагенов.

anonymous ()
Ответ на: комментарий от Kosyak

Да, это и есть наш проект. Студенты у нас стажируются/устраиваются на фуллтайм.

iefremov ()
Ответ на: комментарий от Stalin

Вопрос был не в литературе, вопрос был в эрудиции. Мне стало интересно, насколько средний посетитель ЛОРа в состоянии понять текст из не его области знаний.

Но за ссылки — спасибо, хоть и вряд ли я займусь секвенированием и прочим анализом белков. :)

Кстати, еще из ссылок — «алгоритмы на строках», видимо, ну и CLR любимый, куда уж без него. :)

gns ★★★★★ ()
Ответ на: комментарий от DuskMan

> Анализ сайтов связывания транскрипционных факторов на основе SITECON;
Зачем это биологу?
Дружок! понятие «сайт» в биологии появилось много раньше, чем веб-сайт.. Учим матчать..

anonymous ()
Ответ на: комментарий от PayableOnDeath

здесь есть молекулярные биологи? О.о

безусловно

bioex ()
Ответ на: комментарий от gns

>>Вопрос был не в литературе, вопрос был в эрудиции.

Без специальных знаний тут делать нечего. А гадать на кофейной гуще по паре знакомых школьных терминов — это не эрудиция, а по-другому называется, гуманитарии любят этим заниматься.

mclaudt ()

>UGENE — это свободное ПО для работы молекулярного биолога.

Ну наконец то теперь можно делать вирусы для пиплов.

anonymous ()
Ответ на: комментарий от gns

>Мне стало интересно, насколько средний посетитель ЛОРа в состоянии понять текст из не его области знаний.

Нормальный физик/математик по идее должен понимать. Алгоритмы поиска корреляций и чистки от шумов везде почти одинаковы с разными оптимизациями под задачи.

DNA_Seq ★★☆☆☆ ()
Ответ на: комментарий от aiker

Сабж думаю вполне может стать аналогом. Тем более вектор энтиай это все-таки набор программ, многим из которых есть замены. Допустим для подбора праймеров рекомендуют использовать Primer3 (там по дефолту довольно мягкие параметры, надо ужесточить).

DNA_Seq ★★☆☆☆ ()

Хороший проект, буду следить за ним. Я когда-то учился на молекулярщика, может быть ещё вернусь.

yet_another_anon ()

Кстати, чуть не забыл. Прога на qt ;)

DNA_Seq ★★☆☆☆ ()
Вы не можете добавлять комментарии в эту тему. Тема перемещена в архив.