LINUX.ORG.RU

Open Source язык для программирования биологических клеток

 , , , ,


3

6

Дрю Энди (Drew Endy), соуправляющий International Open Facility Advancing Biotechnology (BIOFAB) ведёт разработку нового открытого стандарта языка программирования, пригодного для трансляции в генетическую информацию с целью дальнейшего исполнения на живых клетках.

В настоящий момент проект находится на очень ранней стадии развития. Энди вместе с командой уже разработали основу языка — его грамматику. Последнее достижение, недавно опубликованное в «Science», касалось способа управления процессом воздействия генома на клетку. Энди сравнивает этот процесс со старым телеграфом: как и в случае телеграфа, сигналы, распространяющиеся внутри клетки, могут затухать и теряться. При передаче данных по проводам для их усиления используется специальные ретрансляторы, аналогичный подход, по видимому, имеет место и в живых клетках.

Важной стороной проекта является обеспечение переносимости между различными типами клеток. Конечная цель — создание аналога того, чем для компьютерной индустрии стала виртуальная машина Java — способа запускать приложения в различных окружениях. Заимствование идей и удачных технических решений из Java является одной из особенностей проекта.

Команда приняла решение сделать проект открытым для того, чтобы дать возможность исследователям из других лабораторий использовать и улучшать этот язык.

>>> Подробности

★★

Проверено: Shaman007 ()

sudo cast Axon, DNA_Seq: что это — фричество, или серьёзный научный проект, имеющий шанс на достижение поставленных целей? По популярной статье в «подробностях» я так и не смог ответить для себя на этот вопрос.

prozium ★★ ()
Последнее исправление: prozium (всего исправлений: 1)

Они бы лучше уже имеющийся вариант отреверсинженерили

dn2010 ★★★★★ ()
Ответ на: комментарий от Jayrome

А при чём здесь java? Нуклеотида как было так и есть 4. Большая часть генома общая со множеством других организмов. В чём собственно проблемы?

rezedent12 ☆☆☆ ()

А почему ссылочка на статью в журнале «Science» ведет не на журнал «Science»?

anonymous ()
Ответ на: комментарий от prozium

Так в не-популярной статье всё по-хардкору пояснили pdf.highwire.org/stamped/sci/early/2013/03/27/science.1232758.full.pdf

anonymous ()
Ответ на: комментарий от prozium

Ах, да: наконец-то у Gentoo'шников появиться возможность собрать себе живую девушку.

Не нужно. Истинные, неупоротые гентушники не обламываются использовать готовые бинари, когда самостоятельная сборка нецелесообразна.

cache ★★ ()

The goal is to make that language insensitive to the output genes so that cells will express whatever genes a user wants, much like the print function on a program works regardless of what set of characters you feed it.

Ну успеха им. Биоинженеры бы за такое душу продали, потому что существует тысяча и один прием для регуляции наработки рекомбинантного белка в клетках, однако их еще надо подобрать.

“In synthetic biology, the equivalent of a Java virtual machine might be that you could create your own compartment in any type of cell, [so] your engineered DNA wouldn’t run willy-nilly. It would run in a compartment that provided a common sandbox for operating your DNA code.”

А вот это интересная идея. Но тоже весьма экзотическая и труднореализуемая.

silw ★★★★★ ()
Последнее исправление: silw (всего исправлений: 1)

Биохакинг все ближе :)

Я б себе подправил кое-что - для этого нужны полные исходники меня (уже есть генетические анализаторы по цене дешевле автомобиля и чуть дороже макбука), и язык программирования достаточно высокого уровня для предварительных расчетов. А уж потом потребуются некоторое оборудование для реализации насчитанного на предыдущих этапах :)

Я так думаю, надо запрограммировать возможность переключения на рентгеновское или ультразвуковое зрение, чтоб летом дифченкам сквозь одежду глядеть. Конечно, можно усилить свои когнитивные функции, но кому это интересно?

plm ★★★★★ ()

Ребят, сегодня уже 22 число, вы чего?..

cruxish ★★★★ ()

удачных технических решений из Java
удачных решений
из Java
удачных
Java

Ahahah! Oh wow!

anonymous ()
Ответ на: комментарий от buddhist

Дык говно — не ткань или колония живых организмов, а совокупность отходов жизнедеятельности, разрушенных белков, метаболизма бактерий, и самих бактерий. Собсно, если из говна выделить только программируемые части — то оно перестанет быть говном, т.к. будет устранён специфический запах, характерный цвет и другие физические свойства, делающие говно говном.

Chaser_Andrey ★★★★★ ()
Ответ на: комментарий от plm

надо запрограммировать возможность переключения на рентгеновское или ультразвуковое зрение, чтоб летом дифченкам сквозь одежду глядеть

Любишь дрочить на ренгеновские снимки?

Chaser_Andrey ★★★★★ ()

А Бога спросили?! У клеток УЖЕ есть биологический язык на котором с ними можно общаться. управлять. Изобретатели велосипедов и оружия уничтожения жизни, блин.

GladAlex ★★★★★ ()

Как интересно будет выглядеть компилятор, а самое главное - бинарь? Что же это должно быть, что бы заставит ькучу клеток делать что-то за одно.

actics ()
Ответ на: комментарий от Jayrome

Прочитал как «Open Source язык для травмирования биологических клеток».

Это точно!

GladAlex ★★★★★ ()
Ответ на: комментарий от Chaser_Andrey

О да, детка, у тебя такая сексуальная берцоцовая кость! Покажи мне свой 31 позвонок!

actics ()
Ответ на: комментарий от GladAlex

Отделение РПЦ в МИФИ, видать, уже делают свою проприетарную поделку, поэтому не распространяют откровения. :D

actics ()

Новость какая-то невнятная. Биохимики, поясните теоретическую и практическую цель создания такого языка.

пригодного для трансляции в генетическую информацию

Ну, забекапить терабайты интернетов в молекулу ДНК - это может быть полезным (слышал недавно о подобном достижении).

с целью дальнейшего исполнения на живых клетках.

А вот это не понятно. Зачем выполнять в клетках что-то? Имеется ввиду, что программа (скажем, оптимальной упаковки рюкзака) на данном языке будет транслироваться в ДНК, и на основе этого генетического кода клетка начнёт производить химические реакции, результаты которых будут каким-то образом детектироваться и преобразовываться в термины прикладной области? Т.е., это путь к биокомпьютингу?

Или имеются ввиду воздействия на клетку, имеющие значения для организма, частью которого это клетка является? От рака лечить будут с помощью этого языка? Тогда кроссплатформенность не понятна, она будет обеспечиваться какой-то многомерной таблицей аналогов всех химических реакций во всех видах органов и организмов?

boo32 ()
Последнее исправление: boo32 (всего исправлений: 1)

Мда... Теперь фраза «ошибка в ДНК» приобретает новый, зловещий смысл...

alex-w ★★★★★ ()
Ответ на: комментарий от plm

Скорая биотехпомощь!
Удаление вирусов, порнотян, переустановка мозга. Выезд в любое время!
-Сергей

anonymous ()
Ответ на: комментарий от plm

Я б себе подправил кое-что

Бери молоток, зубило и дерзай.

tailgunner ★★★★★ ()

БиоЖаба также как обычная будет жрать ресурсы без всякого счета?

AVL2 ★★★★★ ()

Доиграются они. Оганизмы выйдут из под контроля и наступит армагеддон. Истинно говорю вам, конец света не за горами!

AVL2 ★★★★★ ()
Ответ на: комментарий от AVL2

Доиграются они. Оганизмы выйдут из под контроля и наступит армагеддон.

Они уже давно вышли и сидят на лоре.

boo32 ()
Ответ на: комментарий от AVL2

Доиграются они. Оганизмы выйдут из под контроля и наступит армагеддон. Истинно говорю вам, конец света не за горами!

По-моему, в головах больного российского общества (да и не только российского) давно уже наступил конец света.

anonymous ()

Всё, о чём написано в новости, уже делается, и без какого-либо специального языка. Нужен ли вообще такой язык (кроме универсального языка нуклеотидных последовательностей)?

Deleted ()

Это просто здорово!!!!!
Жаль что биологию знаю на уровне средней школы. С удовольствием бы поддержал проект пальцами.

vada ★★★★★ ()

We developed a three-terminal device architecture, termed the

transcriptor, that uses bacteriophage serine integrases to control the flow of RNA polymerase along DNA.

языка программирования, пригодного для трансляции в генетическую информацию с целью дальнейшего исполнения на живых клетках

Дык это не кодить клетки, а кодить на клетках. Вот. Тоесть использовать живой организм как процессор.

anonymous ()

Они бы лучше уже имеющийся вариант отреверсинженерили

А на что ты его отреверсинжинеришь? Вот они и делают так, чтоб было на что.

quowah ()
Ответ на: комментарий от AVL2

Истинно говорю вам, конец света не за горами!

Перст указующий подними!

vada ★★★★★ ()
Ответ на: комментарий от cache

gcc же бинарный берётся даже при минимальной установкой. Почему бы с девушкой так же не попробовать? Взять сначала бинарь, и с его помощью собрать себе уже православно из исходников.

naryl ★★★★★ ()
Последнее исправление: naryl (всего исправлений: 1)
Ответ на: комментарий от naryl

Почему бы с девушкой так же не попробовать? Взять сначала бинарь, и с его помощью собрать себе уже православно из исходников.

А старую версию куда, в биореактор?

cache ★★ ()
Ответ на: комментарий от boo32

да пути развития как всегда два, вначале военные спросят, а воевать можно будет? А потом рекламщики и продаваны - А продавать можно будет? ))) Человек такой человек)

nerfur ★★★ ()

Тэги порадовали ^__^

Satou ★★★★ ()
Ответ на: комментарий от plm

Вирусы с заданными свойствами уже можно клепать, оборудование то же не слишком дорогое, проблема в том, что исходники обфусцированы и в них куча мусора

Satou ★★★★ ()
Ответ на: комментарий от cache

А старую версию куда, в биореактор?

В /dev/null же. Как будто уже и не на юниксе.

anonymous ()

Молодцы! Переход или расширение информационно-технологической сферы на область биологических конструкционных материалов это вопрос времени. Уверен в будущем появится не одна технология, не один подобный стандарт и язык программирования. Это будет так же естественно как смартфон в кармане сегодня.

Buy ★★★★★ ()
Ответ на: комментарий от Deleted

renjumin * (22.04.2013 14:20:15)
Всё, о чём написано в новости, уже делается, и без какого-либо специального языка. Нужен ли вообще такой язык (кроме универсального языка нуклеотидных последовательностей)?

Делается конечно. Тут речь о HIGH LEVEL LANGUAGE.

Машина Тьюринга способна выполнять все те же вычисления что и ЦП, используя 3 команды и бесконечную память. Вы готовы переписать 1С на код машины Тьюринга?

Примеров прикладного био-программирования есть. Уже запрограммированы бактерии которые меняют окраску в зависимости от концентрации взрывчатого вещества. Распылил на поле и видно где мины.

Так вот такие вещи наверное удобно описывать на высокоуровневом языке, чем последовательностью нуклеотидов. Куски ДНК будут генерировать сенсорные и активные белки + ингибировать трансляцию этой же ДНК. Проще описать процессы и связи а компилятор уже оттранслирует в инструкции для синтезатора ДНК.

Плюс модульность - практически все организмы используют кислородный цикл АТФ - в модуль. Мембрана на которой эта реакция - другой модуль уровнем повыше. Вся митохондрия (её код) - ещё более высокоуровневый модуль. Ну и апофигеоз - программная модель скажем E.Coli.

Берёшь встриваешь свой процесс и получаешь результат с минимальными изменениями. Сейчас всё то же делают руками путём проб и ошибок.

Практическое применение конечно не завтра :)

anonymous ()
Вы не можете добавлять комментарии в эту тему. Тема перемещена в архив.