LINUX.ORG.RU

Open Source язык для программирования биологических клеток

 , , , ,


3

6

Дрю Энди (Drew Endy), соуправляющий International Open Facility Advancing Biotechnology (BIOFAB) ведёт разработку нового открытого стандарта языка программирования, пригодного для трансляции в генетическую информацию с целью дальнейшего исполнения на живых клетках.

В настоящий момент проект находится на очень ранней стадии развития. Энди вместе с командой уже разработали основу языка — его грамматику. Последнее достижение, недавно опубликованное в «Science», касалось способа управления процессом воздействия генома на клетку. Энди сравнивает этот процесс со старым телеграфом: как и в случае телеграфа, сигналы, распространяющиеся внутри клетки, могут затухать и теряться. При передаче данных по проводам для их усиления используется специальные ретрансляторы, аналогичный подход, по видимому, имеет место и в живых клетках.

Важной стороной проекта является обеспечение переносимости между различными типами клеток. Конечная цель — создание аналога того, чем для компьютерной индустрии стала виртуальная машина Java — способа запускать приложения в различных окружениях. Заимствование идей и удачных технических решений из Java является одной из особенностей проекта.

Команда приняла решение сделать проект открытым для того, чтобы дать возможность исследователям из других лабораторий использовать и улучшать этот язык.

>>> Подробности

★★

Проверено: Shaman007 ()
Последнее исправление: Shaman007 (всего исправлений: 1)

Ответ на: комментарий от AVL2

Оганизмы выйдут из под контроля и наступит армагеддон.

Ну, это мы ещё посмотрим - может Армагедон, а может и Рагнарёк...

Anonymous ★★★★★
()
Ответ на: комментарий от anonymous

Всё это замечательно и впечатляюще (без иронии), но хотелось бы каких-нибудь обоснований в стиле Гёделя.

ABW ★★★★★
()
Ответ на: комментарий от anonymous

Вы готовы переписать 1С на код машины Тьюринга?

В статье по ссылке сказано следующее:

Progress is slow — but things are picking up. At this point, the team can get cells to express up to ten genes at a time with “very high reliability.” A year ago, it took them more than 700 attempts to coax the cells to make just one. With the right programming language, he says, this should expand to about a hundred or more by the end of the decade. The goal is to make that language insensitive to the output genes so that cells will express whatever genes a user wants, much like the print function on a program works regardless of what set of characters you feed it.

prozium ★★
() автор топика

Задача фолдинга белка до сих пор не решена в общем случае. Не говоря уже о белок-белковых и белок-нуклеиновая кислота взаимодействии. Так что попахивает изнасилованным журналистом. Но языки формального описания биологических моделей есть (самый общий - SBML). Но тут проблема в переносе в него уже существующих моделей, это как doc-файлы в tex переводить - ручек очень много нужно.

Еще есть стехиохимический подход (то есть старые добрые химические цепочки реакций вроде 2H+O=>H2O). Очень многое в подобном подходе опускается, Вентеру вроде удалось промоделировать клетку от деления до деления (но этот чувак журналистов насилует сам и с удовольствием, денюшки-то нужны).

Так же есть BioBrick - каталог стандартных компонентов для генной инженерии, скорее всего сабж на нем и базируется. Но там куча своих проблем (в том числе и непонятен смысл сего действия - все равно все приходится ручками подгонять, это как держать записанные в блокнотике ассемблерные подпрограммы, которые все равно ручками вводить будешь как на советских программируемых калькуляторах).

Конечная цель — создание аналога того, чем для компьютерной индустрии стала виртуальная машина Java — способа запускать приложения в различных окружениях.

Ну во-первых вектора, способные работать например и в клетках бактери и клетках растений (или скажем насекомых) давно есть.

Во-вторых непонятия смысл сего действия - перенести имеющийся фрагмент ДНК в другой вектор - дело одного рабочего дня. К тому же для того в разных организмах белок и экспериментируют, чтобы он синтезировался в разных окружениях (и поэтому он будет например модифицироваться по-разному и соответственно его по-разному будет воспринимать скажем иммунная система человека)

DNA_Seq ★★☆☆☆
()
Ответ на: комментарий от anonymous

Я чего-то недагоняю. Они там собираются использовать булевую логику. Но генная логика то вероятностная, а не дискретная. Даже если разница в уровне экспрессии между открытым и закрытым вентилем шесть порядков (как у lac-репрессора), «протечки» бывает достаточно чтобы убить клетку. Короче, аналогия с телеграфом не очень уместно, проблема не в том как усилить сигнал (это-то как раз прекрасно умеют), а в том, как полностью заглушить.

DNA_Seq ★★☆☆☆
()
Ответ на: комментарий от DNA_Seq

А Бога спросили?!

Так он же проприетарщик!

Нет, бро. Был ли автор? Сложный вопрос. Но наличествует объект авторского права и существуют правообладатели. Все вопросы настоятельно рекомендуется решать с правообладателями.

anonymous
()

- Причина смерти?
- VM из-за бага выжрала весь АТФ в ее клетках. Ей надо было больше есть, а она боялась потолстеть.
Эксперт поставил свой автограф на заключении и кивнул.
- Все, закапывайте.

AiFiLTr0 ★★★★★
()
Ответ на: комментарий от DNA_Seq

Вот это меня если честно и смущает. Я как-то скорее ждал появления языка, который будет описывать именно генную логику, а не пытаться накостылить дискретную логику в клетку.

AiFiLTr0 ★★★★★
()

Для тех, кто интересуется математическим описанием ДНК/РНК процессов (тут интересовались Гёделем, Булем, Тьюрингом) рекомендую начать с книги «ДНК-компьютер. Новая парадигма вычислений» http://www.ozon.ru/context/detail/id/2075703

Осторожно! Матлогика. Авторы (что интересно, один из них - финн :) ) активно работают и сейчас в этой области, можно после прочтения книги по их статьям повышать скилл.

Stalin ★★★★★
()
Ответ на: комментарий от anonymous

Это всё выдумано людьми. В то время их не было — значит никакого авторского права нет. Public domain, только расшифруй.

anonymous
()
Ответ на: комментарий от plm

Главное не забывать бэкапиться

anonymous
()
Ответ на: комментарий от prozium

Ах, да: наконец-то у Gentoo'шников появиться возможность собрать себе живую девушку.

Меня вот что пугает: они ведь обязательно что-то там «соптимизируют» и «заточат под задачу».

rtvd ★★★★★
()
Ответ на: комментарий от plm

Я так думаю, надо запрограммировать возможность переключения на рентгеновское или ультразвуковое зрение, чтоб летом дифченкам сквозь одежду глядеть.

Замена хрусталика на пластиковый имплант и будете видеть в УФ диапазоне.

A-234 ★★★★★
()

Проект - бесперспективный феерический бред. Но фритардам всё равно. Почти все они в биологии не разбираются, но на «Open Source язык» будут фапать как наскипидаренные.

Интересно, а «команда» знакома хотя бы с основами биохимии и функционированием клеток?

rtvd ★★★★★
()
Ответ на: комментарий от nio-kun

Зачем? Назад к тёще.

С таким подходом - прямой путь к SaaS. Свежо, разнообразно, безгеморройно. И каждую неделю - новая. ©

cache ★★
()
Ответ на: комментарий от rtvd

Меня вот что пугает: они ведь обязательно что-то там «соптимизируют» и «заточат под задачу».

Сборки Barbie-like, приятные для траха и ограниченно жизнеспособные? Или женщины-гномы - метр с кепкой и с квадратной головой, чтобы удобно было кружку с пивом ставить?

cache ★★
()
Ответ на: комментарий от GladAlex

А Бога спросили?

Какого конкретно нужно спрашивать?

Behem0th ★★★★★
()
Ответ на: комментарий от cache

Истинные, неупоротые гентушники не обламываются использовать готовые бинари, когда самостоятельная сборка нецелесообразна.

Самостоятельная сборка ещё как целесообразна. В этом-то вся и проблема.

mix_mix ★★★★★
()
Ответ на: комментарий от mix_mix

Ммм? Ещё один разочаровавшийся в женщинах™? ☺

cache ★★
()
Ответ на: комментарий от sjinks

???????

Да ну?

A — А: Аденин;
G — Г: Гуанин;
C — Ц: Цитозин;
T — Т: Тимин (5-метилурацил), не встречается в РНК, занимает место урацила в ДНК;
U — У: Урацил, не встречается в ДНК, занимает место тимина в РНК.

Какая собственно разница если их больше 4х видов нет в одной цепочке?

rezedent12 ☆☆☆
()
Ответ на: комментарий от mix_mix

Откуда же вы такие берётесь на моём ЛОРе? На всё воля божья.

И на то что случилось недавно с шестью людьми в Белгороде тоже божья воля? Не следует ли из этого более логичный вывод - о том что бога нет, ну или если всё же есть то ему на нас насрать?

anonymous
()
Ответ на: комментарий от rezedent12

Да ну?

Ну да, сам же 5 нуклеотидов насчитал.

Какая собственно разница если их больше 4х видов нет в одной цепочке?

А если найду? Не читайте Википедию перед сном, там не всё правда.

А если серьёзно, есть такой бактериофаг — PBS1. У него в ДНК встречается и урацил.

По поводу РНК: в транспортных и рибосомальных РНК встречается тимин (урацил метилируется под действием ферментов, в результате чего получается тимин).

sjinks ★★★
()
Ответ на: комментарий от sjinks

К слову, в РНК еще встречается вариация на тему урацила под названием псевдоуридин.

sjinks ★★★
()
Ответ на: комментарий от sjinks

Ну так можно вообще вспомнить, что в некоторых организмах в нуклеотидах используется мышьяк вместо фосфора.

Эта особенность PBS1 как-то существенно влияет на кодирование информации или ее обрабоку?

И вообще, фаг это даже не полноценное живое существо.

rtvd ★★★★★
()
Ответ на: комментарий от anonymous

И на то что случилось недавно с шестью людьми в Белгороде тоже божья воля?

Разумеется, лол.

Не следует ли из этого более логичный вывод - о том что бога нет, ну или если всё же есть то ему на нас насрать?

Это следует ещё задолго до этого из принципов Поппера и Оккама.

mix_mix ★★★★★
()
Последнее исправление: mix_mix (всего исправлений: 1)
Ответ на: комментарий от rtvd

Эта особенность PBS1 как-то существенно влияет на кодирование информации или ее обрабоку?

Читай исходный вопрос. Товарищ утверждал, что больше 4-х видов нуклеотидов в одной цепочки не бывает. PBS1 — контрпример, не более того.

sjinks ★★★
()
Последнее исправление: sjinks (всего исправлений: 1)
Ответ на: комментарий от prozium

sudo cast Axon, DNA_Seq:

Ага, щас самопровозглашенные биолухи и прочие анонимные аналитики расставят все точки над i.

onanij
()
Ответ на: комментарий от GladAlex

Ещё и православные нарисовались, что ж так мало комментов?

onanij
()
Вы не можете добавлять комментарии в эту тему. Тема перемещена в архив.