На Linux же с ним всегда были только одни проблемы. Те, которые смог вспомнить, привёл тут: Только у меня YouTube больше никак не даёт использовать Adobe Flash в Mozilla Firefox? (комментарий)
Да, в реализациях html5 в браузерах проблемы тоже могут быть, но большинство браузеров свободны, поэтому при желании могут быть профикшены кем угодно. Проблемы флеша же имеет право фиксить только Adobe, которая всегда вытирала ноги о пользователей Linux.