LINUX.ORG.RU
Форум — General  

А есть ли ещё софт, аналогичный UGENE?

 ,


0

1

Сабж. Наличие удобного гуя, особенно на Qt и наличие программы в разделе sci-biology Генты сторого приветсвуются.

P.S.: EMBOSS, конечно, тоже тот ещё комбайн, но кмк, менее расширяемый, чем UGENE.

Алсо: cast Axon DNA_Seq

★★

Последнее исправление: Dorif (всего исправлений: 1)

От задач зависит. Плазмидки клепать GENtle неплох, Ape сойдет. Есть еще SnapGene (проприетарщина, стоит денег!). У всех трех есть пара функций который нет в UGENE - виртуальный форез после рестрикции и сведение двух сиквенсов по сенгеру (плюс и минус цепь) в одну последовательность.
Snapgene еще автоматически аннотирует плазмиды даже в бесплатном вьювере - загружаешь фасту, а он сам находит промоторы, гены устройчивости и тж. Даже определяет что за белок во вставке.
Как редактор множественных выравниваний ИМХО, ugene лучший. JalView гораздо менее удобен.

DNA_Seq ★★☆☆☆
()
Ответ на: комментарий от DNA_Seq

Цель: множественные выравнивания, филогенетика, дизайн праймеров и олигонуклеотидов для синтеза генов, рестрикция, сборка плазмид.

ApE в Генте есть, но вроде как без мейнтейнера, что печально. Впрочем, UGENE гентушники тоже забросили, поставил с сайта, вроде пашет нормально с 5 кедами. Хотя и думаю - может ебилдик накрапать для текущего UGENE и прислать им?

Dorif ★★
() автор топика
Ответ на: комментарий от DNA_Seq

Вот на работе UGENE использовал для разработки новых праймеров для анализа гена дистрофина методом QF-PCR. Там при наличии делеций или инсерций нарушается функция белка, что проявляется в такой патологии, как миодистрофия Дюшенна-Беккера. И софтина удобная, но всегда хочется узнать, а нет ли чего-то ещё, что может быть таким же или лучше.

Dorif ★★
() автор топика
Вы не можете добавлять комментарии в эту тему. Тема перемещена в архив.
General