порядок сетевых карт

Не помню, где вычитал, что интерфейсы назначаются по порядку следования карт в PCI-слотах материнки (направление от AGP-слота).

при переходе с 2.6.7 на 2.6.9 столкнулся с тем, что карты поменялись местами

А если есть встроенная карта и дополнительная, то в каком порядке они идут?

Вот этого не знаю (встроенное ХХХ не перевариваю органически, будь то сеть, звук, видео или ещё что, ибо в случае неработы всё равно покупать нормальную, а бабло на встроенное говно уже выброшено).

Есть смутные подозрения, что встроенная сядет как eth0.

Да, всё касается только случая N карт, поддерживаемых одним и тем же модулем. В случае разных карт какой модуль прогрузился первым, того и тапки (eth0).