Применил темную схему гномтвиком в качестве - по умолчанию.
При этом наутилус и терминал например запускаются в темных окнах, а gnome commander и dolphin светлые
Сначала вообще не понял причем фонарик, видно все прекрасно. А сегодня пришел на работу, запустил хром, и увидел разницу между IPS и TN матрицей. Действительно - без прожектора никак, тему придется поменять.