Да, можно через gparted. Но, это всё равно что микроскопом гвозди забивать. Вон, в винде ПКМ - Форматировать. В линуксе есть что-то подобное? В принципе, я согласен даже на какой-нибудь скрипт в терминале, если он будет сам, автоматически, определять подключенную флешку.