Дёргается неиспользуемый HDD в ноутбуке

Может какие-то датчики опрашиваются? Никаких индикаторов для этого не настроено? У меня подобное было, оказалось монитор температур постоянно каждые 5с дергал HDD. Вырубил.

iotop -oa показывает что-нибудь занятное?

Проверь:

$ sudo smartctl -g apm /dev/sda

APM feature is:   Disabled

$ cat /etc/systemd/system/hdd_apm_off.service 
[Unit]
Description=HDD Disable APM
After=suspend.target
After=hibernate.target
After=hybrid-sleep.target
After=multi-user.target

[Service]
Type=oneshot
ExecStart=/usr/bin/smartctl -s apm,off /dev/sda

[Install]
WantedBy=suspend.target
WantedBy=hibernate.target
WantedBy=hybrid-sleep.target
WantedBy=multi-user.target

только lm-sensors установлены

APM feature is: Unavailable

Показывает, но как понять к каким файлам это относится и к какому диску(sda, sdb)?

HDD изнашивает раскрутка/останов блинов и в (значительно) меньшей мере парковка головок, а не периодическая запись таймстампа. И тряска при незапаркованных головках тоже до добра не доводит. Скорее всего в данном случае смарт диска чудит, раз диск никак не используется. Если он совсем редко нужен в работе, то можешь остановить вращение и запарковать головы — целее будет.

Ты пользуешься какими-нибудь DE? Там есть встроенный мониторинг чего-либо? Попробуй повторить без иксов, потом исключи systemd, потом udev.

Но в Ubuntu слышу хруст этого HDD каждые 3 секунды.

Отключи xapian-index или как эта хрень там называется. Распространённая проблема.

то можешь остановить вращение и запарковать головы — целее будет.

Как это можно сделать?
подозреваю что как-то через hdparm

Так загаси его полностью, с окном активности 5 секунд если использовался, настройка hdparm:

"-S 5"

Лепота!, не только щелчки пропали, но и шум, который я на куллер списывал

-S 5

щелчки не убирает, если хард включится — они будут, чтобы убрать щелчки при работающем харде + отключить его:

-S 5 -B 255 -M 0