После шести с половиной лет разработки увидела свет первая стабильная версия универсального SDK для химической информатики под названием Indigo. История Indigo как проекта с открытыми исходниками ведёт отсчёт от ноября 2009 года, когда был опубликован комплект утилит с ограниченным API.

На данный момент Indigo предоставляет унифицированный программный интерфейс для разработчиков на C/C++, Java, C# и Python. Краткий список возможностей:

• Поддержка форматов представления структур молекул и реакций: Molfile, Rxnfile, SDF, RDF, CML, SMILES, SMARTS
• Двумерный рендеринг структур молекул и реакций по стандартам IUPAC (в качестве движка используется cairo). Автоматическое вычисление координат атомов в 2D
• Вычисление «Canonical SMILES» — представления молекулярной структуры, инвариантного относительно перестановок атомов
• Проверка точного совпадения структур молекул или реакций (Exact matching), проверка наложения по подструктуре (Substructure matching)
• Поддержка таутомеров и резонансных форм
• Вычисление битовых кодов структур (fingerprints)
• Процедуры перебора подграфов, поддеревьев, колец в молекулярной структуре
• Вычисление молекулярного веса и молекулярной формулы
• Разложение структур по заместителям (R-Group deconvolution). Автоматическое определение максимальной общей подструктуры (MCS) множества структур.
• Комбинаторный перебор продуктов химической реакции

На основе Indigo создан Bingo — картридж для Oracle и MS SQL Server, представляющий возможности Indigo пользователям этих реляционных СУБД; в первую очередь быстрый поиск структур молекул и реакций по подструктуре и по SMARTS-выражению. Картридж для PostgreSQL находится в разработке.

Также на основе Indigo созданы следующие небольшие утилиты:

• indigo-depict — для рендеринга молекул и реакций в PNG/SVG/PDF/EPS
• indigo-cano — для вычисления Canonical SMILES
• indigo-deco — для разложения структур по заместителям
• ChemDiff — для просмотра структур и нахождения различий между двумя наборами структур
• Legio — для перебора продуктов реакции

В результате сотрудничества с командой KNIME эта открытая платформа для анализа данных, построенная на базе Eclipse, приобрела расширения для работы с химическими структурами, сделанные на базе Indigo.

Все продукты распространяются на условиях GPLv3 аутсорсинговой компанией GGA Software Services. Офис по разработке находится в Санкт-Петербурге. На сайте компании доступны сборки библиотек и утилит для Linux, Windows и Mac OS X.

>>> Подробности

Состоялся первый публичный релиз пакета программ для органической химии под названием Indigo. Пакет состоит из пяти частей:

• Bingo — плагин к СУБД Oracle с реализацией различных видов «химического» поиска молекул и реакций.
• Dingo — рендеринг молекул и реакций
• Cano — подсчёт canonical SMILES (уникального представления молекулы)
• Deco — разложение набора молекул на общую часть и заместители (R-Group deconvolution)
• Nucleo — работа с нуклеотидными цепочками

Все программы реализованы на C++; имеются обёртки для C# и Java, а также утилиты командной строки. Доступны сборки для платформ Windows, Linux, Mac OS X, Solaris на SPARC. Исходные тексты распространяются под лицензией GPL v3.

Команда разработчиков находится в Санкт-Петербурге. Будем очень рады любым комментариям, вопросам, сообщениям об ошибках. На сайте указаны адреса списков рассылки (Google groups) для обратной связи.

>>> Подробности