Indigo: пакет программ для органической химии

>Внимание: некоторые страницы сайта не работают в Internet Explorer. На главной странице указан адрес, по которому можно скачать плагин для SVG, чтобы сайт можно было просмотреть в IE.

Очень актуальное замечание, особенно на этом сайте=)

Новость выглядит копипастом с http://www.opennet.ru/opennews/art.shtml?num=24031 но есть вероятность, что автор один и тот же. Просьба это подтвердить или опровергнуть.

Автор один и тот же, подтверждаю.

Команда разработчиков в Питере, а новость оформлена так, как будет криво переведена с английского.

Отлично, интересный проект.

А к postgres плагин с реализацией различных видов «химического» поиска молекул и реакций планируется?

Для этого есть pgchem::tigress (http://pgfoundry.org/projects/pgchem/) для openbabel

>а новость оформлена так, как будет криво переведена с английского.

Она с английского и переведена, ты по ссылке сходи, я там ни одной русской буквы не нашел.

реакции я так понял предлагается хранить в оракле - а к чему такая суровость, или там не только химические формулы храняться а прописи так же, но все равно как то жёёстко очень.

Рендеринг молекул это понятно, а реакций что имеется ввиду ? графическое представление формулы реакции ? но ведь это итак везде есть, пока непоятен профит от софтины этой, окромя Nucleo (ибо это далеко не всем надо)

Ценность nucleo тоже не понятна, при наличии NucleicAcidBuilder и 3DNA. Хотя как я понял можно строить любые полимеры.

> Рендеринг молекул это понятно, а реакций что имеется ввиду ?

Telepathy mode: Влезет ли атом лития в кристаллическую решётку кварца? Влезет. А прореагирует ли он там с какой-нибудь хренью, которую мы туда сунули на этапе выращивания кристалла? Науке этого пока неизвестно, надо посчитать :)

Команда разработчиков находится в Санкт-Петербурге, а сайт и наверное вся документация с гуем на срамном языке. Когда закончится это безобразие?

+1 И здесь им плохо и "туда" их не берут. Вот и болтаются как известночто в прорубе.

Очередной велосипед? Новизна лишь в коннекторе к Ораклу, который, думаю, мало кому нужен

А рендерерок и так полно, Avogadro и Jmol напрмер

Ну теперь-то ЛОР без метана не останется.

>>А прореагирует ли он там с какой-нибудь хренью, которую мы туда сунули на этапе выращивания кристалла? Науке этого пока неизвестно, надо посчитать :)

Сабжевыми поделиями посчитать такое не удастся. Это просто обертки способные разве что отрисовывать заранее просчитанные реакции.

Такая возможность не исключена. До сих пор главной целью был Oracle, потому что большие молекулярные базы фармацевтических компаний хранятся как правило в Oracle.

Она с английского и переведена, ты по ссылке сходи, я там ни одной русской буквы не нашел.

На странице ресурсов (http://opensource.scitouch.net/indigo/resources) есть ссылки на русскоязычные материалы.

Да, в Nucleo можно строить любые полимеры. Отличительная особенность Nucleo -- в том, что она позволяет считать canonical SMILES каждого фрагмента, и всей цепочки в целом. Это полезно для отсеивания дубликатов.

Влезет ли атом лития в кристаллическую решётку кварца?

Наш проект ориентирован на органическую химию.

Новизна лишь в коннекторе к Ораклу, который, думаю, мало кому нужен

Вы будете удивлены, но в этом как раз ничего нового нет. Если интересно, наберите в гугле запрос «oracle chemistry cartridge».

Новизна Bingo в том, что он открыт, работает быстро, а также предоставляет некоторые важные химические функции, отсутствующие в конкурирующих продуктах.

А рендерерок и так полно, Avogadro и Jmol например

Это для рендеринга в 3D. Dingo рисует молекулы в 2D.

этих тож полно

вот jchempaint возьмите например, добротная софтина. проприетарный MarvinSketch - еще круче

В Dingo лучше качество картинки, есть C-интерфейс, есть обёртка на C# (обёртка на Java — вопрос времени), богаче поддержка выходных форматов (за счёт использованя cairo). Также, Dingo отрисовывает некоторые свойства молекул, которые игнорируются в MarvinSketch и JChemPaint (впрочем, для некоторых свойст дело обстоит наоборот). На странице http://opensource.scitouch.net/indigo/bingo/user_manual есть много примеров, только не открывайте её в IE, или установите сначала плагин Renesis для IE.

>только не открывайте её в IE

да боже упаси от ие под линуксом

> В Dingo лучше качество картинки

а проверить как? есть рабочий клиент для этой библиотеки?

> Новизна Bingo в том, что он открыт, работает быстро, а также предоставляет некоторые важные химические функции, отсутствующие в конкурирующих продуктах.

объясните вкратце, плиз, чем ваш продукт лучше, скажем, ChemiSQL (в лице Mychem или Pgchem

Да, есть dingo-render, работающая из командной строки.

Вкратце не очень получится, это долгий разговор. Например, лучшая поддержка ароматики, поиск таутомерных и резонансных форм, поиск с учётом 3D-конфигураций, поддержка реакций и AAM (atom-to-atom mapping), вычисление canonical SMILES.

К тому же оно быстрее работает, потому что основано на более передовых алгоритмах, чем те, которые в CDK и OpenBabel.

Читайте сайт, там всё написано подробно.

>Да, есть dingo-render, работающая из командной строки.

хм, значит придется новый гуй писать или просить разработчиков 2д-редакторов прикрутить этот движок. До повсеместного применения еще далеко

> К тому же оно быстрее работает, потому что основано на более передовых алгоритмах, чем те, которые в CDK и OpenBabel.

Может тогда стоит объединить с OpenBabel? Он гораздо больше форматов понимает,а SMILES заменить

Думаю, чем в код OpenBabel перенести всё сделанное нами, проще добавить добавить в наш код поддержку ещё нескольких форматов. Что мы и собираемся в недалёком будущем сделать.

> Думаю, чем в код OpenBabel перенести всё сделанное нами, проще добавить добавить в наш код поддержку ещё нескольких форматов. Что мы и собираемся в недалёком будущем сделать.

1) в OpenBabel не несколько, а 97 форматов 2) добавить формат в OpenBabel довольно просто. При желании можно даже динамически слинковать с вашими библиотеками. А это даст возможность 3) использовать в качестве фронт-енда любую из существующих рисовалок с поддержкой OB, например molsKetch

1) Нам определённо не нужно 97 форматов. Список из 5 форматов, которые нами не реализованы, но представляют интерес, находится на главной странице сайта. Вы считаете, что какие-то ещё форматы нужны для Indigo?

2) Линковка с OpenBabel неосуществима, потому что у нас есть определённые требования к работе с памятью, и специальный код для этого. В OpenBabel нет ничего похожего, потому что перед его разработчиками изначально стояли другие задачи.

в общем, сложилось впечатление, что для десктопа это не предназначено

Еще бы хоть чутка полезности этого для именно органической химии добавить. По ссылкам сходил, в достаточной степени химик-органик.

Согласен, изложение суховато, что связано с непривычностью работы на публику после корпоративных заказчиков. Впрочем, страницу http://opensource.scitouch.net/indigo/bingo с описанием прелестей картриджа писал также химик-органик.

Я малость не про то, я про то, нафиг это, вообще, химику, тем более химику-органику? Организация-заказчик - российская?

заголовки Dingo глянул, выглядит достаточно просто, хотя DLLEXPORT смущает

Нет, потому и сайт на английском. Софт предназначен в конечном итоге для фармацевтических исследований, ну, и для тех людей, которые эти исследования проводят, включая химиков-органиков. Было бы вернее написать в заголовке не «органическая химия», а «хемоинформатика», но это конечно же сочли бы недопустимой калькой с английского.

Ну, типа, слово "хемоинформатика" в русском языке имеется, формально. В чем суть проекта, программного, естественно, не хим-фармацевтического. Для чего это нужно?

Смущаться не надо, в Windows это обычное дело при написании динамических библиотек.

Не понимаю ваш вопрос. Задачи, которые решает Indigo -- стандартные задачи хемоинформатики. Обсуждение того, зачем нужна хемоинформатика, выходит за рамки и нашего сайта, и данного форума, да и моих личных знаний :)

>>да и моих личных знаний Это главное, чего я добивался. >>стандартные задачи хемоинформатики это то, что вам не под силу. Камеру можно убирать.

Спасибо команде за отличную утилиту. Присоветовал другу, который связан с этим по рабочим вопросам. Всем доволен, говорит что есть кое-какие интересные фичи.

А зачем мне строение молекулы в 2D? В двухмерке любой химик может и сам нарисовать молекулу!!! Необходим как раз таки 3D!

Извините, с тем же успехом можно сказать, что векторные 2D-редакторы изображений не нужны, текстовые процессоры не нужны (ведь любой человек может текст от руки написать) и т.д.

3D-изображения молекул необходимы, с этим мы не спорим. Но пока что не охватили эту область.

Спасибо. Передайте другу, что мы будем рады увидеть его отзывы в рассылках, указанных на сайте.