LINUX.ORG.RU

Indigo


1

0

Всего сообщений: 2

Вышли Indigo 1.0 и Bingo 1.6

Группа Open Source

После шести с половиной лет разработки увидела свет первая стабильная версия универсального SDK для химической информатики под названием Indigo. История Indigo как проекта с открытыми исходниками ведёт отсчёт от ноября 2009 года, когда был опубликован комплект утилит с ограниченным API.

На данный момент Indigo предоставляет унифицированный программный интерфейс для разработчиков на C/C++, Java, C# и Python. Краткий список возможностей:

  • Поддержка форматов представления структур молекул и реакций: Molfile, Rxnfile, SDF, RDF, CML, SMILES, SMARTS
  • Двумерный рендеринг структур молекул и реакций по стандартам IUPAC (в качестве движка используется cairo). Автоматическое вычисление координат атомов в 2D
  • Вычисление «Canonical SMILES» — представления молекулярной структуры, инвариантного относительно перестановок атомов
  • Проверка точного совпадения структур молекул или реакций (Exact matching), проверка наложения по подструктуре (Substructure matching)
  • Поддержка таутомеров и резонансных форм
  • Вычисление битовых кодов структур (fingerprints)
  • Процедуры перебора подграфов, поддеревьев, колец в молекулярной структуре
  • Вычисление молекулярного веса и молекулярной формулы
  • Разложение структур по заместителям (R-Group deconvolution). Автоматическое определение максимальной общей подструктуры (MCS) множества структур.
  • Комбинаторный перебор продуктов химической реакции

На основе Indigo создан Bingo — картридж для Oracle и MS SQL Server, представляющий возможности Indigo пользователям этих реляционных СУБД; в первую очередь быстрый поиск структур молекул и реакций по подструктуре и по SMARTS-выражению. Картридж для PostgreSQL находится в разработке.

Также на основе Indigo созданы следующие небольшие утилиты:

  • indigo-depict — для рендеринга молекул и реакций в PNG/SVG/PDF/EPS
  • indigo-cano — для вычисления Canonical SMILES
  • indigo-deco — для разложения структур по заместителям
  • ChemDiff — для просмотра структур и нахождения различий между двумя наборами структур
  • Legio — для перебора продуктов реакции

В результате сотрудничества с командой KNIME эта открытая платформа для анализа данных, построенная на базе Eclipse, приобрела расширения для работы с химическими структурами, сделанные на базе Indigo.

Все продукты распространяются на условиях GPLv3 аутсорсинговой компанией GGA Software Services. Офис по разработке находится в Санкт-Петербурге. На сайте компании доступны сборки библиотек и утилит для Linux, Windows и Mac OS X.

>>> Подробности

 , , , , , , ,

ringill ()

Еще новости

2011