Сабж. Кто что думает? Лично я вижу следующие минусы в этих технологиях: Appimage - отсутствие возможности обновления; Flatpak - необходимость установки толстожопых рантаймов (как вам 300 мегабайтный рантайм с GTK 3.20, который мне пришлось поставить в Fedora 25 ради тестовой ветки GIMP) и сложность подключения репозиториев; Snap - централизованность, ubuntu-core в качестве рантайма, необходимость подписания CLA, необходимость регистрации в Ubuntu One для установки даже просто скаченного snap-пакета. Плюс зачастую пакет в Snap весит гораздо больше, чем Flatpak и тем более Appimage.