Собираю их tar'ом.
Но это капец. В том плане, что открыть дабы добраться до внутренней структуры каталогов, ну чтоб вытащить конкретный подкаталог или файл, это адский ад. Ждать долго.
Что кроссплатформенного (под офтопиком обязательно чем-то должно открываться) можете посоветовать?