Все вопросы к авторам Rufus. Если использовать dd из-под иного Linux или Fedora Media Writer из-под Windows — всё работает идеально.
Проблема в том, что Rufus вместо того, чтобы переносить уже загрузочный образ на диск байт в байт он меняет его, делая загрузочным ещё раз. Когда-то с Linux это было необходимо, а с Windows нужно до сих пор, но сейчас это только мешает.
В итоге пришёл к выводу, что лучше систему переведу на UEFI. И возник вопросик - а стоит ли пользоваться встроенной в Винду MBR2GPT или же проще будет переустановить систему?