Вместо мягкого выключения через ACPI стало происходить жёсткое.

В смысле теперь система не стартует после отключения или что?

В смысле отключение происходит так, как будто компьютер из розетки выключили, без завершения работы системы.

А как именно ты выключаешь компьютер? С кнопки?

Да. Но кнопка ACPI-шная, а не просто выключатель. Раньше всё работало.

А в логах ничего не успевает осесть?

Посмотрю, но вряд ли. В тот же момент, когда нажимаю на кнопку, происходит выключение. Как будто ОС ещё не загрузилась и не известила материнскую плату, что она теперь управляет питанием (не знаю, как это правильно называется, но что-то такое есть: в момент появления меню GRUB, например, точно так же выключается).

А система инициализации какая?

В BIOS это не настраивается

Других прошивок для этой материнки нет?

Возможно есть, но с этой же раньше на той же системе всё работало.

Если в морде биоса переключалки нет, это не значит, что её нет в биосе. Может, её что-то переключило.

http://www.gigabyte.ru/products/page/mb/ga-8s648/download/manual

В английской инструкции на странице 45 есть такой параметр.

Soft-Off by PWR_BTTN [Off]

Soft-off by PWR_BTTN
>>Off
The user press the power button once, he can turn off the system.
(Default Value)
>>Suspend
The user press the power button once, then he can enter suspend mode.

В каком он у тебя положении?

Пробовал и в Off, и в Suspend — в обоих случаях происходит жёсткое выключение.

На нескольких старых материнках я патчил биосы от AWARD утилитами с http://www.rom.by (распаковка образов биосов, изменение/добавление модулей, запаковка с пересчётом контрольной суммы), после этого прошивал их. И в биосах открывались все доступные для изменения опции.

Путь конечно опасный, но как последний вариант можно попробовать.