как в FreeBSD подгружаются динамические библиотеки?

в freebsd разве нет ldconfig?

см. man libmap.conf

$ ldconfig ldconfig: rename /var/run/ld-elf.so.hints.oMcDXG to /var/run/ld-elf.so.hints: Op eration not permitted

нет рутовых прав

тогда LD_PRELOAD должен работать

Укажите соответствующую переменную. Как всё работает можно посмотреть на примере /etc/defaults/*

env LD_PRELOAD ~/lib/blah.so program

или env LD_LIBRARY_PATH=~/lib:$LD_LIBRARY_PATH

а, второе игнорь.