А для случаев, когда цель uninstall в Makefile отсутствует полезно использовать утилиты для контроля устанавливаемых программ (например checkinstall, stow или може еще что-нибудь).
Или просто при установке командой make install сохранять список устанавливаемых файлов в текстовом, чтобы эти файлы можно было потом ручками удалить.
Старожилы мне советовали, если я маньяк, вычислять файлы дистрибутива программы с помощью find по дате установки и, за тем, выкашивать их командой rm. Но есть способ лучше!!! Рондо... Тьфу! checkinstall!!! (http://asic-linux.com.mx/~izto/checkinstall/index.php). Это приложение может генерить rpm-файл (и много чего еще) при установке программ из тарбола. Алгоритм: создаем и ставим rpm из исходников, если у нас исходники и ключи к ./configure те же самые, что и при первой установки программы, то rpm-ка установится поверх старых файлов программы. Далее просто сносим то что только что установили. Задача решена. Вуаля!
Что еще за "грамотное удаление программ" ?? Здесь нет никакого хренового центрального ё*аного реестра, так что простой rm тебе поможет -- просто идешь в /usr/local и ищещь свою прогу, у которой нет make uninstall (ну не видал я такой - у всех есть!!)
