грамотное удаление

Только что переименовал ссылку /usr/src/linux, которая указывает на текущее ядро на /usr/src/linus. Ничего не изменилось. Если в /boot не ссылка на ядро /usr/src/linus/arch/x86/boot/bzImage (или подобная), а сам бинарь, то проблем не должно быть. После компиляции ядра и модулей и проведения копирования их в соответствующие директории (make install && make modules_install), данные в /usr/src стают не важны. Но утверждать не буду...

Попробуйте переместить или переименовать /usr/src и увидите сами. На крайний случай держите при себе liveCD для отката.

Забился раздел с /usr

Установи бамблиби :)

А зачем тебе исходники? Удали их так же как и поставил. Через пакетный менеджер.

Не знаю зачем они. Зиппер автоматом ставит.

Забился раздел с /usr, на котором большую часть памяти занимает папка /src, состоящая из исходников старых ядер. Как их грамотно удалить, чтобы ничего в системе не попортить и чтобы никакие зависимости не потерялись?

как ставил, так и удаляй, через ПМ.

Исходники не нужны, если ты не компиллишь ядро.

Исходники могут быть разве-что нужны для сборки некоторых закрытых дров. После сборки исходники ядра можно удалить.

Можешь руками снести.

zypper rm -t srcpackage youtube-dl
Uninstallation of a source package not defined and implemented.

Открой менеджер пакетов. Посмотри какая версия у пакета kernel-source. su, mc, зайди в /usr/src, Insert-ом выдели все ядра, кроме установленного, F8 для удаления. Даже если ошибёшься, всегда можно переустановить пакет, выбрав в YAST «установить пакет принудительно».

rm -rf /usr/src/*