есть идея написать некий скрипт-враппер и его вызывать из cron-а каждую минуту, а уж он пусть определит четная это минута или нет и в зависимости от этого запустит ту или иную прогу
нет враппер должен просто попеременно запускать то то, то то. Если он будет на время смотреть то из-за всяких неточностей он может два тика подряд один и тот же скрипт запустить.