Похоже на баг. Ибо найдя нужный файл БД и открыв его в Kakoune, я обнаружил множество нулевых байтов. Удалив их, пакетник ожил, но уцелело в БД всего 3 пакета :(.
Это или повреждение памяти произошло, либо f2fs фигня.
Скорей всего свет моргнул во время работы apk. Они же самые умные, вместо того, чтобы sqlite использовать, который на сохранности данных собаку съел, всякие самопальные текстовые форматы используют, со скриптами, которые никто никогда не тестировал на предмет корректной работы при отключении питания. Вот так и получается.
Первое добро. Для докера и контейнеров в целом вообще любые системы инициализации противопоказаны.
Второе просто особенность. Где-то хорошая, потому что компактная по отношению к памяти, где то наоборот, поскольку чуть менее совместима и частично медленная.