[хочется странного]бд с бинарными запросами

hbase, cassandra - там thrift, который тоже бинарный.

This project's goal is the hosting of very large tables — billions of rows X millions of columns — atop clusters of commodity hardware.

А что-нибудь, чему ява и соответствующий кластер для нормальной работы не нужны есть? Bigtable это явно не про наколеночное применение

Короче, все зависит от задачи. Раз ты рассуждаешь об оверхеде перевода запросов в текст, я предположил, что у тебя много данных и большие нагрузки.

Ежели тебе всего лишь не нравится идея того, что БД все время парсит запросы, то либо пользуй любую rdbms и prepared statements, либо nosql-нашлепки (HandlerSocket, innodb-memcached).

В sqlite есть precompiled queries

В DB2 что-то такое было. Вроде бы там можно запросы скомпилировать в статически линкуемую либу.

Дело в том, что нужно будет производить множество простых слабосвязанных запросов(причём наборы каждый раз могут быть разные) к относительно небольшому количеству данных.

Нагрузки не особо большие и неизвестно станут ли когда-либо таковыми, производительности обычных решений более-менее хватает, вопрос скорее в эстетической части(ну зачем постоянно гонять числа в текст и обратно?). Кроме всего прочего банально неудобно собирать sql-запросы из чистого С

Собирать запросы нередко не очень удачная идея. Зачем это надо?

SQL удобен для отладки внешними инструментами, если он не тривиальный. Если в приложении исключительно тривиальные запросы, может база данных и не нужна вовсе?

Увы, не думаю, что моей квалификации хватит, чтобы написать синхронизацию запросов, быстрый поиск, сброс на диск и ещё горы всего лучше, чем это сделано в готовых бд. Особенно во вменяемые сроки.

собственно зачем? на парсинг запроса тратится совсем мало времени. Это какая-то специфическая задача с ОЧЕНЬ простыми запросами?

В berkeleydb всё есть. Бери и используй.

Пожалуй, это действительно то, что мне нужно, спасибо.

Мне вот ZODB недавно насоветовали. Хранит инстансы бидоновых обжектов.