А смотря что надо. Если j2se разработка - то скорее всего эклипс, особенно если для гуя RCP используеться вместо свинга.
А если j2ee - то нетбинсы как-то попристойнее выглядят, ибо WTP - суксь глючная, а в нетбинсах все это нормально сделано + синхронизация кода с UML - тож оченно полезная фича, а под эклипс такое только за бабки.