Оно не только под shift+Caps, на любом сочетании клавиш нажимаем "переключатель" плюс еще что-то. Сработает это сочетание целиком, но вдобавок переключится раскладка.
Из-за этого пришлось многое с ctrl+shift+буква перевешивать.
Чтобы Shift CapsLock не включал CapsLock нужно убрать эту фичу в
/etc/X11/xkb/symbols/group, замените строчку
key <CAPS> { [ ISO_Next_Group, Caps_Lock ] };
на
key <CAPS> { [ ISO_Next_Group, ISO_Next_Group ] };
Взято отсюда: http://www.opennet.ru/base/rus/xkb_xfree86_4_3.txt.html
Наверняка можно и без правки файликов от рута обойтись, надо svu спросить. :)
xkbcomp "$DISPLAY" - |perl -pe 's/\b(ISO_Next_Group),\s+Caps_Lock\b/$1, $1/' |xkbcomp - "$DISPLAY"
Оно грязно ругается (наверняка это всё грязный хак), но работает как надо.
Править ничего в /etc не надо, просто выполняешь эту команду и всё.