Под Гномом не переключаеться раскладка

Если я не ошибаюсь,то в Гноме native-переключатель не работает вообще - надо юзать другие - или через X или альтернативу - от КДЕ,xrus и так далее

.gtkrc трогать не надо - он только для отображения фонтов.
У тебя не работает xkb (а в kde своя переключалка).
Можно делать так:
/etc/X11/XF86Config

Section "InputDevice"
Identifier "Keyboard0"
Driver "keyboard"
Option "AutoRepeat" "250 30"
Option "XkbModel" "pc105"
Option "XkbLayout" "ru"
Option "XkbVariant" "winkeys"
Option "XkbOptions" "grp:caps_toggle"
Option "XkbRules" "xfree86"
Option "XkbKeymap" "xfree86(ru)"

EndSection

Можно извращаться по другому.

Тот же файл:

Section "InputDevice"
Identifier "Keyboard0"
Driver "keyboard"
Option "AutoRepeat" "250 30"
Option "XkbKeymap" "xfree86(ru)"

EndSection

Зато в файле
/etc/X11/xkb/keymap/ строчки с ru должны выглядеть так:

xkb_keymap "ru" {
xkb_keycodes { include "xfree86" };
xkb_types { include "default" };
xkb_compatibility { include "default" };
xkb_symbols { include "en_US(pc105)+ru(winkeys)+group(ctrl_shift_toggle)" };
xkb_geometry { include "pc(pc105)" };
};

Нативный переключатель работает во втором. :)

Или использовать xruskb - xkb в XFree все равно надо настроить, но этот переключатель еще кучу фич имеет, типа того же отключения xkb когда очень надо (скажем, чтоб не возится с таблицами в LyX - отрубил xkb и все печатается без этих танцев, потом опять включил - и без перезагрузки X).