Что использовать вместо gksu?

Polkit.

терминал от рута

Зачем? Чем sudo -i в нерутовом терминале не устраивает?

Ради экономии времени не хочу вводить это каждый раз, когда нужен терминал. (нет, привычку менять не хочу)

Правильно Гугл сказал. См. pkexec

Сделай автологин под рутом в несколько консолей.
Если рут нужен именно как терминал то в /etc/hosts прописываешь 127.0.0.1 localhost и разрешаешь вход xhost +localhost Ну и в консоли в которой рут автозалогинен mate-terminal --display=:0.0 &

после этого вход по руту можно просто запрещать passwd -l root

Так kdesu очевидно, зачем вам какой-то gksu? И зачем тащить гномопарашу в систему?

Ради экономии времени не хочу вводить это каждый раз, когда нужен терминал. (нет, привычку менять не хочу)

А ещё можно в /etc/sudoers прописать user host.local=(root:host.local) /usr/bin/pluma и запускать конструкции вида

bash -c 'mate-terminal -e \'`sudo pluma /etc/sudoers &` && exit\''

Надеюсь что тебе понятно то, что вариант такой конструкции можно поместить внутрь ярлыка, при этом пароль будет запрошен в терминале, который закроется сразу после запуска программы.

Зачем для оболочки от root запускать целый терминал от root, когда можно запустить терминал от пользователя, а в нём - оболочку от root? Большинство терминалов поддерживает указание команды, которую надо выполнить. Обычно это опция -e, и тогда команда:

/usr/bin/терминал -e "/bin/sudo -i"

Ради экономии времени

Если тебе и вправду *настолько* часто нужен рутовый терминал, то ты что-то делаешь очень не так.

sudo bash.

Чем заменить kdesudo/gksu? (комментарий)

Спасибо! Подошло идеально.