1.Чем отличается запуск exe-шников:
1.2. Двойным кликом по иконке в файловом менеджере?
1.3. Через терминал: wine '/полный/путь/до/файла.exe'?
1.4. Через терминал: cd в директорию, затем wine ./исполняемыйфайл.exe?
Всеми этими способами приложения стартуют с разными параметрами wine'а.
2. Через winecfg не удается привязать параметры к конкретному приложению, подхватываются только глобальные настройки. Как привязать настройки к приложению?