Как сделать, чтоб Chromium открывал локальные каталоги и файлы в нужных программах, а не в самом себе?

если не ошибаюсь, то должно быть в хромиуме приложения по умолчанию не выставлены. Где их выставить один гугл знает. Как вариант открывать видео из плеера, а не из хрома, вроде ВЛС могет так.

у меня-то вроде благодаря gnome-player'у локальное видео в браузере открывается - где-то я такое видел

Странно. У меня Mint 16, так он вообще всё, что можно, открывает во внешних программах. Кроме веб-страниц и картинок.

Какой у тебя вывод

xdg-mime query default video/mpeg

smplayer.desktop

кроме файлов mht и чего в принципе нельзя

Действительно, зачем в браузере открывать веб-страницы?

проверь, запущен ли у тебя xfce/gnome/... settings daemon. если не запущен - запусти. если не путаю, как раз он отвечает за передачу файловых ассоциаций из DE в браузер.