Мне надо организовать, обработать и анализировать пару тысяч химичиских структур из PDB (все молекулы содержащие HETATM). Сначала думал организовывать всю работу при помощи текстовых файлов и директорий, но понял, что гораздо умнее организовать это дело при помощи базы данных. Проблема в том, что в принципе, в базах данных я - ни в зуб ногой. Как я понимаю, к любой конвенциональной БД можно прицепить перл/С/?? программы для вытаскивания данных, обработки, и записи новой информации. (Очень важен удобный доступ к координатам всех молекул).

На что еще стоит смотреть при выборе БД? Что читать?

Есть ли у кого-то из вас готовая БД, с готовымы таблицами и данными, которая содержит информацию о молекулах, включая координаты? Поделитесь примерами

>>> (Invalid URL, no host part!)

дана некоторая функция f (t, p_1, p_i2, ...p_n ). i - где t - время, а p_X - параметры (обозначим их вектором P). Функция описывает поведение некоторой системы. Путем научного втыка, мы определили параметры для m (m ~ 10 - 20) систем (т. е. имеем m разных векторов P).

Очень хочется посмотреть как будет выглядеть динамика намного большего количества систем (скажем 10*m). Для этой цели требуется создать множество новых векторов P, "похожих" на оригинальных. Вопрос - как? Если парами слов не описать, то подскажите что почитать (я не математик, так что поосторожней с чтивом).

Спасибо

>>> (Invalid URL, no host part!)

Мой папа (~70 лет) захотел присоеденится к компьютерам "и всему такому прочему".

Английский - ни в зуб ногой

Надо:

1. программа с легким русским фейсом для организации фотографий. Желательно, потдерживающия тэги и поиски по ним (я использую gqview, но тэгов в ней нет)

2. простая в понимании русская документация Гимпа

Как всегда, я ищу коментарии основанные на личном опыте, или опыте знакомых.

Спасибо

>>> (Invalid URL, no host part!)

Подскажите программу для игры в русские шашки.

>>> (Invalid URL, no host part!)

Фирма в которой я работаю решила сделать порядок в пару сотен (тысяч) документов (в основном - PDF файлы с научными статьями, DOC файлы внутренней документации).

Требования:

1. open source (просто бесплатно - сойдет тоже)

2. возможность комерческой потдержки

3. удобная и гибкая система мета-данных

4. поиск по полям мета-данных и по тексту в файлах (full text search)

5. удобство в пользовании и администрации

Я смотрел на http://www.openkm.com/ и http://www.knowledgetree.com/ . Последний, вроде, понравился больше. Хочется услышать коментарии по поводу данного вопроса: личный опыт, советы, плюсы-минусы систем и т.п.

Спасибо

>>> (Invalid URL, no host part!)

Готовлю доклад для научной конференции. Готовлю "презентацию" (как-же без неё, любимой). Презентация: текст, немного графиков, демонстрация структур в PyMol-е (типа http://pymol.sourceforge.net/pmimag/sel3.html). Аудитория - человек 150 -- 300. Контроля над освесчением не предвидится. Наткнулся на принципиальный вопрос: светлый фон + тёмные буквы или наоборот?

Ваши личные предпочтения?

>>> (Invalid URL, no host part!)

http://www.topuniversities.com/worlduniversityrankings/results/2007/overall_r...

#128

>>> (Invalid URL, no host part!)

Или я что-то не понял или одно из двух [(ц) - не я].

Написал питоновский модуль. Из интерактивного шелла сделал import, запустил функцию. Не понравилось. Отредактировал модуль. Как теперь перезагрузить модуль без покидания интерактивного шелла и не давая модулю нового имени?

>>> (Invalid URL, no host part!)

Меня попросили сделать "социальный сайт". Список требований:

блоггинг

"друзъя"/группы интересов

возможность приклепления + сохранения файлов

категории пользователей: бесплатные, платные, "gold"

списки ссылок с тагами (а-ля del.icio.us)

плюсы:

АJAX-подобный интерфейс

Вроде движок ЖЖ подходит, но боюсь, что даже изменив внешний дезайн, look-n-feel останется ЖЖ-вский, а надо что-бы сайт воспринимался как можно более "новый", и "свежий".

Какие советы?

ПС.если всё пойдет, как надо, то со временем должны будут быть ~10-20 тысяч юзеров (блин, знаю что губу раскатал, но чем больше цель, тем легче в нее попасть :-) )

>>> (Invalid URL, no host part!)

Есть два компьютера. Оба недоступны друг для друга из сети. Надо синхронизировать директорию. Дано, что изминения могут происходить только на одном из компьютеров. Синхронизация должна учитывать не только измененные и новые файлы, но и удаленные и передвинутые. Один вариант: флэшка - посредник плюс программа unison. Проблема в том, что директоря -- огромная и на флэшку не влезает. Использовать внешний комп для синхронизации низя в виду требований к секретности данных. Есть ли возможность делать что-то на подобие diff-а, который можно было-бы сохранить на небольшой флэшке и перенести на другой компьютер?

Спасибо

$SUBJ

адрес -- здесь http://www.linux.org.ru/whois.jsp?nick=phrm

Thanks

http://www.artlebedev.ru/kovodstvo/idioteka/2007/08/10/

Никак не могу опредилить команды типа softA и softB из нижеследующего примера, так, что-бы пробелы после слов и перед знаками припенания работали правильно. Результат компиляции примера виден здесь: http://img400.imageshack.us/img400/8396/27163646aq8.png
http://img400.imageshack.us/img400/8396/27163646aq8.png

\documentclass[a4paper,10pt]{article}
\begin{document}
\newcommand{\soft}[1]{\textsc{#1}}
\newcommand{\progA}{\soft{progA}}
\newcommand{\progB}{\soft{progB} { }}

Punctuation after \progA: works OK, but space after \progA is not. On the other hand, spaces after \progB work fine, but \progB's punctuation sucks. Strange, but spacing after \soft{soft} is ok, the punctuation is OK \soft{too}. Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur \dots
\end{document}

$subj

The Bioinformatics Organization, Inc. (Bioinformatics.Org) is seeking an experienced programmer to contribute to the continuing development of an open-source, PHP-based analytical platform for bioinformatics.

Bioinformatics.Org is a US-based non-profit organization, but the intern may work from Israel, via the Internet.  The intern will be paid USD $25 per hour to a maximum of $6,000 (total number of hours is contingent upon funding and the number of interns).  This is a summertime project, and the intern must begin almost immediately.  The current phase of the project ends in mid-August.

The candidate should be at least a junior in college and have considerable experience with Apache, MySQL and PHP development.  No background in biology is required.

Please email your resume/curriculum vitae to jeff@bioinformatics.org.

Стоит задача: оптимизировать проблему при помощи генетического алгоритма в матлабе. Как я понимаю из документации, данный алгоритм реализован так, что началные значения и распределение (distribution) рандомальных изминений (мутаций) предполагают приблизительно одинаковый диапазон значений всех переменных (степеней свободы).
Проблема в том, что задача задана при помощи 4-х переменных, три из которых обычно принимают значения от 1 до ~10-20, а одна переменная - от 4000 до ~15000. Как лучше всего привести значения четвертой переменной к диапазону 1-20?

Самый простой способ - делить на 4000. Но в этом случае диапазон получится слишком узким.

Значит делаем так:

> function f = factor (value, k, v)
> max1=(max(v)/max(k));
> min1=(min(v)/min(k));
> d= (value - min(v))/(max(v)-min(v));
> f=min1+(max1-min1)*d;
> end

value - значение, которое надо подогнать к диапазону
k - вектор возможных значений переменной с диапазоном 1-20
v - вектор возможных значений переменной с диапазоном 4000 - 15000
функция возвращает фактор на который надо множить value

Упустил ли я что-то? Есть ли способы лучше?

Спасибо

У меня полетел блок питания моего thinkpad-а (R50e) есть возможность купить новый оригинальный, или "универсальный", который стоит процентов на 30-35 дешевле, чем оригинальный. Чем это черевато?

Помогите, пожалуйста.

Даны два тела, которые заданы множеством точек на поверхности (плотность точек на кв. метр - известна). (см. картинки А и Б: http://img54.imageshack.us/img54/3931/bluesm0.png ). Как вычислить объём, занятый одновременно двумя телами? (картинка Ц)

Спасибо

Как в латехе изобразить такое: http://img251.imageshack.us/my.php?image=reactionpu1.jpg

(т.е. две стрелки с надписями над и под ними)

Существует множество программ, в которых множество клиентов общаются с центральной базой данных. Обычно, выбор базы данных (mysql, oracle, sql...) - за клиентом. Один пример такой программы - bugzilla. Как я понимаю, на сервере, между клиентом и самой базой данных есть оболочка, которая переводит запросы клиента в запросы, соответсвующие данной базе. До сих пор - всё понятно (если не ошибаюсь).

Багзилла - программа свободная, а бывают программы платные, в которых идет оплата по количеству юзеров (на пример: http://www.fogcreek.com/FogBugz/). В этом случае, контроль количества юзеров обеспечивается программой-оболочкой. Если доступ к базе данных есть, что мешает сторонней программе обратиться к ней (базе данных) в обход оригинальной оболочки, и подать данные клиенту? Достигается-ли защита шифрованием данных, так, что их обработка на сервере возможна только "правильной" программой, или-же существуют другие стратегии защиты?

(П.С: вопрос задан с целью пополнить комп. грамотность. Я не собираюсь ни писать не взламывать программы)