Собственно значительно падает скорость чтения/записи с HDD/SSD (предположительно после скачивания торрентов), до 1000 килобайт/с.

И ещё примечательно неприличное замедление последнего этапа команды «apt-get update», когда после скачивания происходит какое-то подкапотное перемалывания индексов, в нормальном случае занимающее меньше секунды, но во время этого замедления операций чтения записи с HDD/SSD оно может длиться больше 20 минут (больше я не терпел и прерывал процесс). И так до перезагрузки все дисковые операции приобретают лимит в 1000 килобайт/с.

Но вот ещё странность: висит вот этот процесс (последний этап работы «apt-get update», после скачивания индексов):

/usr/bin/perl -w /usr/bin/apt-show-versions -i

Даже если скорость всего 1000 килобайт/с, этот процесс не должен читать и молотить индексы более 20 минут. После перезагрузки «apt-get update» работает как и положено, быстро скачивает, быстро обновляет индексы.

Было и на старом ядре и на новом из бекпортов. Графическая оболочка при этом замечательно работает, никаких фризов в интерфейсе, можно даже тяжёлые BD-рипы смотреть, музыку слушать. На 12309 вроде и похоже, а вроде и нет.

Система Debian 8.4 + бекпорты, i686 Linux 4.5.0-0.bpo.2-686-pae (32-bit), 16ГБ ОЗУ, система на SSD, tmp в tmpfs, /var на HDD через опцию bind в fstab, процессор core2duo, чипсет P45/ICH10R, KDE 4.14 вместо менеджера рабочего стола.

Где/что можно покрутить, сбросить, погладить чтобы вернуть дисковой системе былой задор и прыть или хотя бы понять после чего точно она начинает так себя вести?

UPD: возможно это KDE-проблема(!), разлогинился из графической сессии и перезапустил иксы и всё вновь наладилось. Торренты качаю qBittorrent'ом.