Как мне кажется, есть (грубо говоря) два уклона при создании сюжета для FPS.
Вариант 1 a la «doom». Сюжет тут развит ровно настолько, чтобы объяснить вам где вы, куда должны идти и кто есть ваши враги. Развлекать себя вы будете сами. Лично мне нравится этот вариант. К сожалению, данный подход + дурная голова = скучная пострелушка, так как забив на сюжет, нужно разнообразить геймплей, что делать часто забывают.
Вариант 2 a la «max payne». Тут уже сюжет важен как никогда, ибо преподносится как основная фишка игры. При хорошей задумке и реализации может получиться отличнейшая игра, но поддерживать в игроке интерес на протяжении всей игры получается далеко не у каждого.
Пишите в комментариях, какой вариант вам по душе.