Latex и переопределение section и т.д.

Посмотри в сторону пакетов titlesec и tocloft.

Или как вариант ищи определения нужных тебе команд в файлах класса, который используешь, и переопределяй их в преамбуле.

Например:

\usepackage{titlesec}
\titleformat{\section}[block]{\normalfont\normalsize\centering}{\thesection}{1ex}{}

Сделает заголовок первого уровня по центру. (и скорее всего «Содержание» тоже, так как это также заголовок первого уровня).

http://zoonek.free.fr/LaTeX/LaTeX_samples_section/0.html

Ну или действительно titlesec.