ntpd считает время в UTC, оно не переводится,
политика различий localtime и UTC определяется файлом зоны /etc/localtime выбираемом из /usr/share/zoneinfo/*
так что нужен правильный файл зоны, в нормальных дистрибутивах его обновят если уже не обновили.
У меня обновился пакет timedata или как там его...
Посмотри в сhangelog. В Debian на днях обновление tzdata было, но ничего не было связанного с Россией (во всяком случае в changelog). Последнее обновление в Debian Volatile было связано с:
А вообще, как оказалось, GMT используется только в этой вашей Windows, а на самом деле уже давно deprecated, судя по статье на википедии. Так что UTC - все-таки правильнее )