а если какая-то новая железка всё-таки втыкается в рантайме, то можно предварительно сфоткать налепленный на неё QR-код, содержащий в себе ссылку на исходник device tree overlay, скачать и сконпелять его на лету и подгрузить драйвер
Не будет никакой экономии в этом случае. Наоборот - будут повышенные затраты времени из-за того, что при каждом обновлении системы и драйверов надо будет заново этот device tree генерировать, а если генерировать через автоматическое обнаружение устройств, то device tree оказывается лишней прослойкой.
Не имеет никакого смысла, так как PCI-E это PCI-E. Для горячего подключения есть другие интерфейсы. А систему всё равно придётся вырубать, если новое устройство PCI-E появится.