Вот конкретно почему работа под рутом угрожает безопасности? Если я, допустим, зайду под юзером, но в иксах у меня постоянно будет запущена рутовская консоль, это тоже будет небезопасно?
Чем меньше выполняется процессов под рутом, тем лучше, особенно если им рут не нужен. Банально: работает мозилла под рутом, а тут какой-то баг в какой-то из ее подсистем нашли, написали в два счета эксплоит и БУМ! потрет все файлы или еще чего хуже. Особенно для сетевых прог плохо под рутом сидеть.