ffmpeg может только из MKV c MPEG2 в VOB перегнать
Перед -i:
-fflags +genpts -i input.vob
Можно еще:
-fflags +genpts -fflags +igndts -i input.vob
genpts значит generate PTS, igndts значит regenerate DTS based on PTS. А иногда ffmpeg перегоняет mpg в mkv и без этих опций. Зависит, наверное, от потока 0:0 Data: dvd_nav_packet. Это поможет и с avi(xvid)>mkv.
Avidemux - его я боюсь использовать лишний раз, хотя удобно. При ремуксе нескольких файлов mpeg2 на стыке соединения иногда дает артефакты
Я и в mkvtoolnix сталкивался с артефактами при резке mpeg2, хотя резал по ключевым кадрам. Странно, по идее не должно такого быть. Что-то там не так они отрезают, надо искать другие инструменты.
Это может сделать MPEG Video Wizard. Причем с точностью до кадра (пережмутся только участки на стыке, не более 0.5 секунд). Можно менять отрезки местами как в полноценной монтажке, субтитры тоже сохраняются. Для H.264 рекомендую VideoRedo TVSuite.