Работа с android через ПК

Зависит от конкретного устройства.

GUI софт для управления версиями системы/внутренностями есть только под венду?

Эммммм, это как?

зависит от конкретного устройства.

+ даже если они и существуют в природе (неважно под винду или линукс), не ожидай что там будет что-то хорошее. Скорее всего мрак и ужос.

adb есть под все. Консольное.

Есть веб-морда под названием airdroid

нет, обычно и под os x есть