скобочка ломает парсер ссылок

Подробнее опиши. С примерами кода.

Не бывает хостов со скобкой в имени.

https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%94%D0%B2%D0%B8%D0%B6%D0%B5%D0%BD%D0%B8%D0%B5_F.I.R.E.

Точка в конце перестает быть частью ссылки

А должна оставаться? Может это последнее слово в предложении было. Всегда можно уточнить через [url=].

Ну как бы по стандарту должна быть. Выше ссылка поломата.

Это хорошее поведение, чтобы точку в конце предложения не включало в url.

Какому стандарту? Существует стандарт на выделение ссылок из произвольного текста? Алгоритм «читаем всё подряд пока оно не запрещено синтаксисом урла» - плохой.

В субдоменах могут быть — cdecl.org, например, генерирует такие (в кодах).

А ты субдомены с query string не путаешь, случаем?

Та неважно, важно что url сломан.