Arduino IDE

кратко: да, там хоть и очень кривой, но более-менее стандартный bootloader.

развёртуто: arduino — шлак, кто смотрел его сырцы, меня поймёт.

могу поделиться своим бутлодером, который писал по фану: работает через уарт по протоколу xmodem, написан для mega16.

Можно пользоваться makefile'ом, в Debian пакет называется «arduino-mk», там есть примеры использования. Я родной IDE больше не пользуюсь, но собираюсь использовать Arduino только как программатор, а работать с atmega8.