Есть два дистрибутива - Ubuntu и Fedora. В первом звук есть, во втором - нет. Вывод звука и там и там через PulseAudio.
С точки зрения настроек, в Ubuntu в микшере есть дополнительная галочка analog/digital output jack, в Fedora такой не нашел.
Вот лог старта pulseaudio в Fedora из консоли (http://pastebin.com/mc2b17ec). Volume control в PulseAudio показывает уровень сигнала, отличный от нулевого, но ничего не слышно.
Еще данные, которые могут оказаться полезными:
> [root@fedora demas]# alsactl init
> Unknown hardware: "Audigy2" "SigmaTel STAC9750,51" "AC97a:83847650" "0x1102" "0x1021"
> Hardware is initialized using a guess method
/etc/pulse/default.pa: http://pastebin.com/mafebe39
/etc/asound.conf: http://pastebin.com/m4b92dbb8
Если нужны еще какие-то данные - пишите.